针对您提出的“客运车辆超员交通运输执法部门怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、处罚依据

客运车辆超员是一种严重的交通违法行为，其处罚依据主要来源于《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条的规定。该法条明确指出，公路客运车辆载客超过额定乘员的，将受到相应的处罚。这为交通运输执法部门对客运车辆超员行为的处罚提供了明确的法律依据。

二、具体处罚措施

1. 罚款：

   • 如果公路客运车辆载客超过额定乘员但未达到20%，交通运输执法部门将处以二百元以上五百元以下的罚款。
   • 如果超过额定乘员20%但未达到50%，罚款金额将提升至五百元以上二千元以下。
   • 若超过额定乘员50%，则直接处以二千元罚款。

2. 记分：

   • 驾驶校车、公路客运汽车、旅游客运汽车载人超过核定人数未达到20%的，驾驶员将被记6分。
   • 若驾驶7座以上载客汽车载人超过核定人数20%以上未达到50%，同样记6分；但若超过50%以上未达到100%，则记9分。
   • 对于驾驶其他载客汽车载人超过核定人数50%以上未达到100%的，记6分；若超过100%，则记12分。

3. 扣留机动车与强制措施：

   • 交通运输执法部门在发现客运车辆超员后，有权扣留机动车，直至违法状态消除。
   • 对于运输单位的车辆存在超员行为且经处罚不改的情况，执法部门还可以对直接负责的主管人员处以罚款。

4. 刑事责任：

   • 如果客运车辆超员导致重大交通事故，构成犯罪的，相关责任人员将面临刑事责任的追究。例如，从事校车业务或者旅客运输，严重超过额定乘员载客的，可能构成危险驾驶罪，处拘役并处罚金。

三、超员的危害与后果

1. 安全隐患：客运车辆超员会显著增加车辆的惯性，导致制动距离延长，增加追尾、侧翻等交通事故的风险。同时，超员还会影响车辆的操控性能，使驾驶员难以应对突发情况。

2. 法律责任：除了上述的行政处罚外，如果因超员引发交通事故造成人员伤亡或财产损失，相关责任人员还可能面临刑事责任和民事赔偿。

3. 社会影响：客运车辆超员不仅损害了乘客的合法权益，也破坏了道路交通秩序，影响了社会的和谐稳定。

综上所述，客运车辆超员是一种严重的交通违法行为，交通运输执法部门将依据相关法律法规对其进行严厉处罚。为了您和他人的安全，请务必遵守交通法规，不要超员载客。