车辆涉嫌超员和非法营运，主要由公安交管部门和交通运输部门负责处理。以下是对这两个部门职责及处理方式的详细分析：
公安交管部门
职责与权限：
- 公安交管部门（即公安机关交通管理部门）主要负责道路交通安全管理工作，包括对超员等交通违法行为的查处。
- 依据《中华人民共和国道路交通安全法》等相关法律法规，公安交管部门有权对超员车辆进行处罚。
执法方式：
- 公安交管部门会在道路上设置检查点，对过往车辆进行抽查或全面检查。
- 一旦发现车辆超员，会立即对驾驶人进行处罚，包括扣分、罚款等。
- 对于严重超员可能危及公共安全的行为，公安交管部门还会依法追究驾驶人的刑事责任。
交通运输部门
职责与权限：
- 交通运输部门负责道路运输市场的监管工作，包括对非法营运行为的查处。
- 依据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，交通运输部门有权对非法营运车辆进行处罚。
执法方式：
- 交通运输部门会通过路面执法检查、设置检查站点等方式，对疑似非法营运的车辆进行拦截和检查。
- 一旦确认车辆存在非法营运行为，交通运输部门会依法对车辆进行扣押，并对驾驶人或相关责任人进行处罚。
- 交通运输部门还会与公安交管部门紧密合作，共同打击非法营运和超员等违法行为。
联合执法与协作
- 在实际执法过程中，公安交管部门和交通运输部门会经常开展联合执法行动，以提高执法效率，增强执法威慑力。
- 例如，在打击面包车超员载客、非法营运等重点违法行为的专项行动中，两部门会共同部署、协同作战，形成合力。
法律建议
- 如果您的车辆涉嫌超员或非法营运，建议您积极配合相关部门的调查和处理工作。
- 同时，您也可以咨询专业律师（如我），了解相关法律法规和您的权利义务，以便更好地维护自己的合法权益。
总结：车辆涉嫌超员和非法营运时，公安交管部门和交通运输部门都会依据各自职责和相关法律法规进行查处。因此，在遇到此类问题时，建议您积极配合相关部门的调查和处理工作，并咨询专业律师以了解自己的权利义务。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。