摩托车非法营运主要由交通运输管理部门进行管理。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 管理部门职责：

   • 交通运输管理部门是负责道路运输市场监管的主要机构，它们负责查处非法营运行为，包括摩托车的非法营运。这些部门有权对非法营运的摩托车进行扣押、罚款等行政处罚，以维护道路运输市场的秩序和安全。

2. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，未经许可擅自从事道路运输经营活动的，属于非法营运行为。摩托车作为道路运输工具之一，其非法营运行为同样受到这些法律法规的约束和处罚。

3. 执法实践：

   • 在实际执法过程中，交通运输管理部门会联合公安等部门，对涉嫌非法营运的摩托车进行查处。他们可能会在交通要道、车站、码头等地点设置检查点，对过往的摩托车进行盘查，一旦发现非法营运行为，就会依法进行处理。

4. 公众参与与监督：

   • 公众在发现摩托车非法营运行为时，也可以向交通运输管理部门进行举报。这有助于增强执法的针对性和有效性，共同维护道路运输市场的秩序和安全。

建议与提醒：

• 对于摩托车车主而言，应严格遵守相关法律法规，不要从事非法营运行为，以免面临法律处罚和损失。
• 如果您发现身边有摩托车非法营运的情况，可以向当地的交通运输管理部门进行举报，共同维护良好的交通秩序。

如果您在交通运输领域遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问，我会尽我所能为您提供专业的法律帮助。