结论：住院6天且有病例的情况下，是否可以用带薪休假来替代扣满勤，这主要取决于您所在单位的具体规章制度以及您与单位签订的劳动合同中的相关约定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
单位规章制度的角度：
- 许多单位在规章制度中会明确规定员工在何种情况下可以享受带薪休假，以及带薪休假与满勤奖之间的关系。如果单位的规章制度中明确规定，员工因病住院可以享受带薪休假，并且该休假不影响满勤奖的发放，那么您就有权在住院期间使用带薪休假，并且不应因此被扣除满勤奖。
- 反之，如果单位的规章制度中没有相关规定，或者规定住院期间不能使用带薪休假，或者使用带薪休假会影响满勤奖的发放，那么您就需要根据具体情况与单位进行协商。
劳动合同的角度：
- 劳动合同是员工与单位之间约定双方权利和义务的重要文件。如果劳动合同中明确规定了员工在住院期间可以享受带薪休假，并且该休假不影响满勤奖的发放，那么您就有权依据劳动合同的约定来主张自己的权益。
- 如果劳动合同中没有相关规定，或者规定与单位规章制度相冲突，那么您可能需要参考相关法律法规，并与单位进行协商，以达成一个双方都能接受的解决方案。
法律法规的角度：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，员工有权享受带薪休假，但具体的休假天数和条件可能因地区和单位而异。同时，这些法律法规并没有直接规定带薪休假与满勤奖之间的关系。
- 因此，在法律法规没有明确规定的情况下，您需要依据单位规章制度和劳动合同的约定来主张自己的权益。如果单位规章制度和劳动合同都没有相关规定，那么您可能需要与单位进行协商，或者寻求劳动争议调解、仲裁等途径来解决争议。
建议：
- 首先，建议您仔细查阅单位规章制度和劳动合同中的相关条款，了解自己在住院期间是否可以享受带薪休假，以及该休假是否会影响满勤奖的发放。
- 如果单位规章制度和劳动合同中没有相关规定，或者规定不明确，建议您与单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确双方的权利和义务。
- 如果与单位沟通无果，或者您认为单位的做法违反了相关法律法规，您可以考虑寻求劳动争议调解、仲裁等途径来解决争议。
可能后果：
- 如果您未经单位同意擅自使用带薪休假，并且因此被扣除满勤奖，您可能会因此与单位产生劳动争议。
- 如果争议无法通过协商解决，您可能需要通过法律途径来维护自己的权益，这可能会耗费您一定的时间和精力。
因此，在处理此类问题时，建议您保持冷静和理性，依据相关法律法规和单位规章制度来主张自己的权益，并通过合法途径来解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。