结论：教师因乳腺癌病假超过6个月，年终奖和第13个月工资是否扣除，需结合具体法律法规、单位规章制度及劳动合同约定综合判断，不能一概而论。以下从不同角度详细分析：

一、法律法规层面

1. 医疗期保护
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，教师作为企业职工（若在公立学校可能适用事业单位规定，但原理类似），享有法定医疗期。医疗期内，单位不得解除劳动合同，且应支付病假工资（通常为当地最低工资的80%）。但法律法规未直接规定年终奖或第13个月工资是否必须发放，此类福利属于单位自主管理范畴。

2. 同工同酬原则
   若年终奖或第13个月工资属于固定薪酬组成部分（如合同明确约定或单位长期固定发放），且病假教师未因严重违纪或考核不合格被扣减，单位可能因违反《劳动合同法》“同工同酬”原则被要求补发。但若此类福利与考勤、绩效挂钩，且教师因长期病假未满足发放条件，单位扣除可能合法。

二、单位规章制度层面

1. 规章制度合法性
   若单位规章制度明确规定“病假超过X个月扣除年终奖/第13个月工资”，需满足以下条件才合法：

   • 规章制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论）；
     
   • 已向教师公示或告知；
     
   • 内容不违反法律法规强制性规定（如医疗期保护）。
     若规章制度未满足上述条件，扣除行为可能被认定为违法。

2. 规章制度合理性
   即使规章制度合法，扣除比例也需合理。例如，若教师仅因病假未参与年终考核，但单位直接全额扣除年终奖，可能因“显失公平”被挑战。实践中，法院可能结合病假时长、单位经营状况、教师贡献等因素综合判断。

三、劳动合同约定层面

若劳动合同明确约定“年终奖/第13个月工资发放条件为全年出勤满X天”或“病假超过X个月不享受”，且该约定不违反法律法规，单位扣除可能合法。但约定需具体明确，模糊条款（如“根据单位效益发放”）可能被认定为对教师不利而无效。

四、实践建议

1. 对教师：

   • 核查劳动合同、单位规章制度中关于年终奖/第13个月工资的条款；
     
   • 若单位扣除且无合法依据，可先与单位协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
     
   • 保留病假证明、工资条、规章制度等证据。

2. 对单位：

   • 制定规章制度时确保民主程序和公示；
     
   • 明确年终奖/第13个月工资的发放条件，避免模糊表述；
     
   • 对长期病假员工，可考虑按比例发放或设置其他补偿机制，平衡员工权益与单位管理需求。

总结：教师病假超过6个月是否扣年终奖，需结合具体条款和证据判断。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细法律分析。