结论：在劳动合同中约定社保中个人承担的部分由公司承担，该约定本身并不因违反法律强制性规定而无效，但存在一定法律风险和实务限制，需分情况讨论其合法性与有效性。具体分析如下：

1. 法律层面：约定不直接违法，但需满足形式要件

根据《社会保险法》第六十条，用人单位必须自行申报、按时足额缴纳社保费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免；职工应当缴纳的部分由用人单位代扣代缴。
关键点：法律未禁止用人单位“自愿承担”个人应缴部分，但要求用人单位必须履行“代扣代缴”义务。若合同约定公司直接承担个人部分，需确保：

• 代扣代缴义务仍由公司履行：即公司需先从工资中“模拟代扣”个人部分，再以公司资金补足该部分，最终以公司名义全额缴纳社保。若公司未履行代扣程序，直接以公司资金缴纳，可能被认定为“未依法代扣代缴”，面临社保部门责令补缴、滞纳金甚至罚款的风险（《社会保险法》第八十六条）。
  
• 不损害劳动者权益：若约定导致劳动者实际到手工资低于最低工资标准，或公司通过其他方式变相降低劳动者福利（如减少奖金、补贴），可能因违反《劳动合同法》第三十八条（未及时足额支付劳动报酬）被劳动者主张解除合同并要求经济补偿。

2. 实务层面：约定可能面临执行障碍与税务风险

• 社保缴费基数问题：社保缴费基数通常以劳动者上年度月平均工资为准（不得低于当地社平工资60%，不得高于300%）。若公司承担个人部分后，未将该部分计入缴费基数（即仍按劳动者实发工资申报），可能被认定为“未如实申报缴费基数”，面临社保稽查和补缴风险。
  
• 个人所得税问题：根据《个人所得税法》，社保个人部分属于“专项扣除”，可在税前扣除。若公司直接承担个人部分，未从工资中代扣，可能导致劳动者个人所得税计算基数虚高（因未扣除个人应缴社保），增加劳动者税负；或公司需额外承担该部分税款，增加用工成本。
  
• 合同履行争议：若公司后期因经营困难无法继续承担个人部分，可能引发劳动者主张“公司违约”的劳动争议。此时，仲裁/法院可能结合合同履行情况、公司实际支付能力等因素，判断约定是否显失公平或可撤销。

3. 合规建议：优化约定方式以降低风险

若公司希望承担个人社保部分，可采取以下合规操作：

• 明确约定“公司额外支付补贴”：在合同中约定“公司每月向劳动者支付社保补贴XX元，该补贴用于劳动者自行缴纳社保个人部分，劳动者需提供缴费凭证”。此方式下，公司不直接介入社保缴纳流程，避免代扣代缴义务风险。
  
• 调整工资结构：将劳动者工资分为“基本工资+社保补贴”两部分，其中社保补贴金额等于个人应缴部分，并明确“社保补贴随社保政策调整而同步调整”。此方式可确保缴费基数合规，同时避免税负问题。
  
• 书面备案与公示：无论采取何种方式，均需将约定内容书面化，并向劳动者公示或签字确认，避免后续争议。

总结：劳动合同中约定公司承担个人社保部分本身不违法，但需严格履行代扣代缴义务、确保缴费基数合规、避免损害劳动者权益，并建议通过优化约定方式（如补贴形式）降低实务风险。如有具体操作需求，可进一步向我咨询细节。