结论：公司因员工春节假期返回公司路程耽误导致迟到3小时而让其停工休息的行为，是否合法需分情况讨论，不能一概而论。
分析：
公司规章制度与劳动合同的约定：
- 首先，需要查看公司的规章制度以及员工与公司签订的劳动合同中是否有关于迟到、旷工以及停工休息的相关规定。
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了因迟到达到一定时间（如3小时）可以视为旷工，并有权安排员工停工休息，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司的行为可能是合法的。
- 反之，如果公司规章制度或劳动合同中没有此类规定，或者规定与法律法规相冲突，那么公司的行为可能构成违法。
法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，员工享有休息休假的权利，同时也有义务遵守公司的合理规章制度。
- 然而，法律法规并未明确规定员工迟到一定时间后，公司可以采取停工休息的措施。因此，这一行为是否合法，主要取决于公司规章制度或劳动合同的约定，以及这些约定是否违反了法律法规的强制性原则（如公平、合理、不侵犯员工合法权益等）。
合理性原则：
- 即使公司规章制度或劳动合同中有关于因迟到可以停工休息的规定，也需要考虑该规定的合理性。
- 如果员工因不可抗力（如交通堵塞、恶劣天气等）导致迟到，且迟到时间较短（如3小时），公司直接采取停工休息的措施可能显得过于严厉，缺乏合理性。
- 在这种情况下，公司可以考虑采取其他更温和的措施，如警告、扣减部分奖金等，以体现对员工的关怀和尊重。
建议：
- 对于员工而言，如果认为公司的行为不合法或不合理，可以先与公司进行沟通协商，寻求解决方案。
- 如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，在制定规章制度或劳动合同条款时，应充分考虑法律法规的强制性规定以及合理性原则，确保条款的合法性和有效性。同时，在处理员工迟到等问题时，也应采取合理、公正的措施，以维护良好的劳动关系。
后续思考：
- 在实际操作中，公司规章制度或劳动合同的约定往往成为判断公司行为是否合法的重要依据。因此，员工在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务。
- 同时，公司也应定期对规章制度进行审查和更新，确保其符合法律法规的最新要求以及公司的实际情况。