公司长期支付底薪是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、底薪的合法性基础
底薪，即基本工资，是劳动者在正常工作时间内提供正常劳动后，用人单位应当支付的最低劳动报酬。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。因此，只要公司支付的底薪不低于当地最低工资标准，且双方在劳动合同中有明确约定，那么公司长期支付底薪的行为在法律上是合法的。
二、底薪与绩效、奖金等的关系
底薪与绩效工资：如果劳动合同中约定了底薪和绩效工资的组合，且绩效工资的发放与劳动者的工作表现、业绩等挂钩，那么公司根据劳动者的实际表现调整绩效工资的发放是合法的。但底薪部分仍需保证不低于当地最低工资标准。
底薪与奖金：奖金是用人单位根据经营状况和劳动者的工作表现等额外发放的报酬，不属于底薪的范畴。公司可以根据自身情况决定是否发放奖金以及奖金的数额，但这并不影响底薪的合法性。只要底薪部分合法，公司长期支付底薪并辅以奖金等激励措施是可行的。
三、可能存在的违法情况
底薪低于最低工资标准：如果公司支付的底薪低于当地最低工资标准，那么这种行为是违法的。劳动者有权要求公司补足差额，并可以向当地劳动监察部门投诉。
以底薪代替全部工资：如果公司试图以底薪代替劳动者的全部工资，包括绩效工资、奖金等，且这种做法导致劳动者的实际收入低于其应得的报酬，那么这种行为也是违法的。劳动者有权要求公司按照劳动合同的约定支付全部工资。
四、法律建议
审查劳动合同：劳动者应仔细审查自己的劳动合同，了解底薪、绩效工资、奖金等各项报酬的约定情况。如果发现公司支付的底薪低于最低工资标准或存在其他违法情况，应及时与公司沟通并寻求解决方案。
保留证据：劳动者应保留好与工资相关的证据，如工资条、银行转账记录等。这些证据在维权时将起到关键作用。
寻求法律帮助：如果与公司沟通无果或遇到复杂的劳动纠纷问题，劳动者可以寻求专业律师的帮助。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律咨询和维权建议。
总结来说，公司长期支付底薪是否合法取决于底薪是否不低于当地最低工资标准以及劳动合同中的相关约定。如果你对自己的工资情况有疑问或遇到劳动纠纷问题，欢迎直接向我咨询。