土地承包经营纠纷的管辖部门主要根据纠纷的性质和具体情况而定，以下是对不同情况下管辖部门的详细归纳：
基层调解组织：
- 村民委员会、乡（镇）人民政府：这些基层组织在土地承包经营纠纷中扮演着重要的调解角色。当纠纷发生时，双方当事人可以首先尝试通过协商解决，若协商不成，可以请求村民委员会或乡（镇）人民政府进行调解。这些组织熟悉当地情况，具有公信力和影响力，便于组织双方协商，促成和解。
农村土地承包仲裁委员会：
- 仲裁机构：如果当事人不愿协商、调解，或者协商、调解不成，可以向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁。仲裁程序简便快捷，裁决具有法律效力，可以有效保护当事人的合法权益。仲裁裁决作出后，当事人应当履行裁决，若一方不履行，另一方可以依法向人民法院申请强制执行。
人民法院：
- 司法途径：当事人对仲裁裁决不服，或者在规定时间内未达成仲裁协议的，可以直接向人民法院提起诉讼。人民法院作为司法机关，具有权威性和终局性，其判决具有强制执行力，为当事人提供最强的法律保障。在涉及土地所有权、使用权归属争议，或对其他处理结果不满，认为权益受侵害的情况下，人民法院是最终的解决途径。
法律背景与建议：
法律依据：根据《中华人民共和国农村土地承包法》第五十五条的规定，因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
建议：在处理土地承包经营纠纷时，建议当事人首先尝试通过协商和调解解决争议，这有助于维护双方的关系，减少诉讼成本。如果协商和调解无果，再考虑通过仲裁或诉讼途径解决。在整个过程中，保持冷静、理性，积极收集证据，配合相关部门的调查和处理，是解决问题的关键。
可能法律后果：
- 如果当事人选择通过仲裁或诉讼途径解决纠纷，需要承担相应的法律费用和时间成本。同时，如果仲裁裁决或法院判决对一方不利，该方需要履行相应的义务，否则可能面临强制执行等法律后果。
综上所述，土地承包经营纠纷的管辖部门包括基层调解组织、农村土地承包仲裁委员会和人民法院。当事人应根据纠纷的性质和具体情况选择合适的解决途径，并积极配合相关部门的调查和处理工作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。