关于农用地承包经营权纠纷的管辖问题，我们可以从以下几个方面来详细解答：
结论前置
农用地承包经营权纠纷的管辖主要依据纠纷的性质和阶段来确定。一般来说，权属争议阶段的纠纷属于民事案件，应由土地所在地的人民法院管辖；而登记确权阶段的纠纷，则应先向相关行政主管部门申请解决。
具体分析
登记确权阶段的纠纷管辖：
- 在登记确权阶段，可能会遇到“登记错误”或“未实际取得土地承包经营权”的问题。
- 根据《农村土地承包法》和《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》的规定，现土地承包经营权确权机关包括县级以上地方人民政府农业农村、林业和草原等主管部门。
- 如果发现登记错误或未实际取得土地承包经营权，应先向乡（镇）政府的农村经营管理部门提出更正申请或向相关行政主管部门申请解决，而不是直接向法院提起诉讼。
权属争议阶段的纠纷管辖：
- 权属争议阶段主要包括“一地二包”或“权属纠纷”的问题。
- 这类纠纷属于合同纠纷、民事案件，不属于行政纠纷或行政案件，因此镇政府无权确权。
- 根据《土地权属争议调查处理办法》的规定，农村土地承包经营权争议案件不属于土地权属争议受案范围，也不属于由人民政府先行处理的土地确权案件的受案范围。
- 权属争议应通过以下途径解决：要求发包人（村集体经济组织）协调解决；请求调解；向农村土地承包仲裁机构申请仲裁；或直接向人民法院提起民事诉讼。
- 根据《民事诉讼法》及司法解释的规定，农村土地承包经营合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，由不动产（即土地）所在地的人民法院专属管辖。
法律依据
- 《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条：因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条第二款：农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。
- 《中华人民共和国农村土地承包法》及相关管理办法、解释等。
综上所述，农用地承包经营权纠纷的管辖主要依据纠纷的性质和阶段来确定。在权属争议阶段，应由土地所在地的人民法院管辖；在登记确权阶段，则应先向相关行政主管部门申请解决。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。