针对您提出的“承包土地纠纷由哪个政府部门管理”的问题，这主要取决于纠纷的具体性质和情况。以下是我从不同角度为您详细分析的解答：

1. 土地所有权和使用权争议

   • 主管部门：根据《中华人民共和国土地管理法》第十四条，土地所有权和使用权争议，首先由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
   • 处理程序：当事人应先向争议土地所在地的县级自然资源主管部门（或相关政府部门，具体根据地方实际）提出书面申请，提交相关证据材料。主管部门会进行调查核实，组织调解，若调解不成则作出处理决定。对处理决定不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

2. 农村土地承包经营纠纷

   • 主管部门及处理途径：
     • 村民委员会、乡（镇）人民政府：这些基层组织负责调解农村土地承包经营纠纷，利用其熟悉当地情况的优势，调和双方矛盾。
     • 农村土地承包仲裁委员会：当事人不愿协商、调解或协商、调解不成的，可向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁。仲裁裁决具有法律效力，可申请强制执行。
     • 人民法院：当事人对仲裁裁决不服或在规定时间内未达成仲裁协议的，可直接向人民法院起诉。
   • 法律依据：《中华人民共和国农村土地承包法》第五十五条规定，因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。当事人不愿协商、调解或协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。

3. 涉及土地征收补偿的纠纷

   • 主管部门：主要由政府相关部门（如自然资源部门、住房和城乡建设部门等）负责处理，但具体处理方式可能因地区而异。
   • 处理建议：被征收人对补偿标准有异议时，应首先尝试通过行政程序解决，如向上级政府部门申请行政复议或提出申诉。若行政程序无法解决问题，可考虑通过司法途径维护自身权益，即向人民法院提起诉讼。

综合建议：

• 在处理承包土地纠纷时，建议您首先明确纠纷的具体性质和情况，以便选择合适的处理部门和途径。
• 如果纠纷涉及土地所有权和使用权争议，您可以向县级自然资源主管部门或相关政府部门提出申请，寻求政府处理。
• 如果纠纷涉及农村土地承包经营，您可以先尝试与对方协商或请求村民委员会、乡（镇）人民政府进行调解；若调解不成，可向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁或直接向人民法院起诉。
• 在处理过程中，务必保留好相关证据材料，以便在需要时提供证明。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您在处理承包土地纠纷过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。