关于事业单位在编人员二十年前存在学历重叠问题是否会被清退解聘、取消编制或开除，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要综合考虑多个因素。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 学历重叠问题的性质与严重性：

   • 首先，需要明确“学历重叠”的具体含义。如果是指在不同时间段内获得了两个或多个学历，且这些学历都是真实有效的，那么这通常不构成问题。但如果是指通过不正当手段（如伪造、篡改学历证书等）同时或在不同时间获得了多个学历，那么这就涉及到了诚信和违法问题。
   • 对于后者，如果这一行为被发现，且被认定为严重违反事业单位的规章制度或职业道德，那么确实有可能面临清退解聘、取消编制或开除等处罚。

2. 事业单位的规章制度与政策：

   • 不同的事业单位可能有不同的规章制度和政策，对于学历重叠问题的处理也可能存在差异。一些单位可能对此类问题持较为宽容的态度，尤其是如果这一行为发生在很久以前，且没有造成严重后果。
   • 然而，也有一些单位可能对此类问题持零容忍态度，一旦发现就会立即采取严厉措施。因此，需要具体了解你所在单位的规章制度和政策。

3. 法律法规的适用性：

   • 从法律法规的角度来看，如果学历重叠行为涉及到了伪造、篡改学历证书等违法行为，那么根据相关法律法规，确实有可能面临行政处罚或刑事责任。
   • 但对于只是存在多个学历且没有违法行为的员工，法律法规通常不会直接规定其必须被清退解聘、取消编制或开除。

4. 历史背景与实际情况：

   • 考虑到这一行为发生在二十年前，当时的社会环境和法律法规可能与现在存在差异。因此，在处理这一问题时，也需要考虑到历史背景和实际情况。
   • 如果这一行为在当时并未被视为严重问题，且没有造成严重后果，那么现在突然对其进行严厉处罚可能不太合理。

建议：

• 如果你担心自己可能因学历重叠问题而面临处罚，我建议你首先查阅自己所在单位的规章制度和政策，了解对于此类问题的具体处理规定。
• 同时，你也可以咨询单位的人力资源部门或相关领导，了解他们对于这一问题的看法和态度。
• 如果确实存在风险，你可以考虑主动向单位说明情况，并寻求合理的解决方案，如补办相关手续、接受一定的处罚等。

最后，需要强调的是，每个具体情况都是独特的，因此无法给出一个绝对的答案。如果你对此仍有疑虑或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。