针对公司员工司机收了运费不上交这一问题，核心结论是公司可以通过内部管理措施、协商、民事诉讼或刑事控告等途径来维护自身权益，具体选择取决于运费金额、证据情况以及司机的主观意图等因素。以下从不同角度展开分析：

1. 内部管理措施
   首先，公司应核查内部财务管理制度是否存在漏洞。例如：

   • 是否明确规定运费收取流程（如必须通过公司账户、需当场开具收据等）；
     
   • 是否对司机进行过相关培训或签署廉洁承诺书；
     
   • 是否存在监管缺失（如未定期核对账目、未要求司机提交运费凭证等）。
     建议：立即完善制度，要求司机限期上交运费并说明情况，同时暂停其相关工作权限以防止损失扩大。

2. 协商与催告
   若司机承认私收运费但拒绝上交，公司可：

   • 发送书面《催告函》，明确要求其在指定期限内返还运费，并保留送达证据（如邮寄回执、签字确认等）；
     
   • 同步收集证据（如客户证明、运费收据、司机承认私收的录音或聊天记录等），为后续法律行动做准备。
     注意：协商过程中避免使用威胁性语言，防止司机反诉公司侵权。

3. 民事诉讼途径
   若协商无果，公司可向法院提起不当得利之诉或侵占罪自诉（需符合刑事立案标准）：

   • 不当得利：司机无法律或合同依据占有运费，公司有权要求其返还并赔偿损失（如利息、维权费用等）；
     
   • 证据要求：需证明运费归属公司（如运输合同、客户付款记录）、司机实际收取（如收据、证人证言）及金额。
     优势：诉讼周期相对较短，且公司可申请财产保全冻结司机资产。

4. 刑事控告（针对严重情形）
   若司机私收运费金额较大（通常需达到6万元以上）且拒不归还，可能涉嫌职务侵占罪：

   • 构成要件：司机利用职务便利（如负责运输并代收费用）、将公司财物非法占为己有、数额较大；
     
   • 流程：公司向公安机关报案，提交证据（如审计报告、司机承认侵占的书面材料等），由警方立案侦查。
     风险提示：刑事程序需严格符合证据标准，若证据不足可能导致不予立案。

5. 劳动法角度的考量
   若司机与公司存在劳动关系，公司还可依据《劳动合同法》第39条，以“严重违反公司规章制度”或“严重失职给公司造成重大损害”为由解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
   前提：公司规章制度中需明确规定“私收运费属于严重违纪行为”，并已向司机公示或培训。

行动建议：

1. 立即固定证据（如客户确认函、运费流水、司机承认的录音等）；
   
2. 根据金额大小和证据充分性，选择协商、民事诉讼或刑事控告；
   
3. 同步完善内部管理流程，避免类似事件再次发生。
   

如有进一步细节（如运费金额、司机是否签署相关协议等），可随时补充说明，我会为您细化方案。