核心前提与问题重述：司机离职后收取3000余元运费未返还，涉及运输合同关系下的财产返还纠纷。需明确运费性质（预收/已结算）、合同履行状态及证据留存情况。

1. 法律关系定性

• 运输合同违约：若司机已收取运费但未完成运输义务，构成《民法典》第577条规定的违约行为，托运方有权要求返还运费并赔偿损失。
• 不当得利返还：若运费系预收且运输未完成，司机无合法依据占有款项，构成《民法典》第985条不当得利，托运方可主张返还。

2. 证据收集要点

• 书面合同：运输协议、报价单等证明运费金额及支付条件。
• 付款凭证：转账记录、收据等证明款项已支付。
• 沟通记录：微信、短信等证明司机未履行义务且拒绝退款。
• 运输单据：提单、签收单等证明运输未完成或部分完成。

3. 解决路径

• 协商解决：
  1. 书面催告司机限期返还（留存送达证据，如EMS邮寄回执）。
  2. 明确告知若不返还将采取法律措施，增加心理压力。
• 行政投诉：
  1. 向当地交通运输管理部门举报司机违规收费（需提供初步证据）。
  2. 适用于司机无运输资质或违反行业规范的情况。
• 民事诉讼：
  1. 管辖法院：运输始发地、目的地或被告住所地法院。
  2. 诉讼请求：返还运费3000元及利息（LPR计算）、赔偿损失（如另行委托运输的费用）。
  3. 诉讼流程：立案→送达→开庭→判决→执行（若司机不履行，可申请强制执行其财产）。

4. 风险提示

• 时效问题：民事诉讼时效为3年，自知道权利受损之日起算，建议尽快行动。
• 执行风险：若司机无财产可供执行，可能面临判决“白条”风险，需提前调查其财产状况。
• 证据瑕疵：若缺乏书面合同或付款凭证，可能影响诉讼结果，需尽量补充其他证据（如证人证言）。

5. 操作建议

• 优先协商：通过律师函或自行书面催告，降低维权成本。
• 同步取证：协商过程中继续收集证据（如录音、聊天记录）。
• 及时起诉：若协商无果，1个月内启动诉讼程序，避免证据灭失或时效经过。

结论：您可先通过书面催告要求司机返还运费，若拒绝，立即向法院起诉主张返还及赔偿，同时申请财产保全以确保执行。具体操作需结合证据情况调整，如有疑问可进一步提供材料细节，我将为您定制解决方案。