核心结论：施工总承包单位代发农民工工资未经过分包单位盖章，可能涉及程序瑕疵，但并不必然导致工资发放无效，需结合具体情况判断其法律效力及后续处理方式。以下从法律合规性、风险防范、补救措施三个角度展开分析：

1. 法律合规性分析：代发工资的合法性基础

根据《保障农民工工资支付条例》（国务院令第724号）第三十一条规定，分包单位应当按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，与当月工程进度等情况一并交施工总承包单位。施工总承包单位根据分包单位提交的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付至农民工本人的银行账户。
关键点：

• 分包单位的义务是编制工资支付表并交总包单位，但法律未明确要求分包单位必须“盖章”确认工资表；
  
• 总包单位的义务是根据分包单位提交的工资表代发工资，若工资表已由农民工本人签字确认，且总包单位已履行审核义务（如核对工作量、考勤等），则代发行为具有合法性。
  结论：未盖章可能属于程序瑕疵，但若工资表真实、农民工已签字确认，代发行为仍有效。

2. 风险防范：未盖章可能引发的争议及应对

若分包单位以“未盖章”为由否认工资发放，可能引发以下风险：

• 分包单位主张工资未支付：若分包单位未向总包单位提交工资表，或总包单位无法证明已代发，分包单位可能要求总包单位再次支付工资；
  
• 农民工主张工资未足额发放：若工资表存在漏签、金额争议等问题，农民工可能直接向总包单位或分包单位追讨差额；
  
• 行政处罚风险：若总包单位未严格审核工资表真实性，或未通过专用账户代发，可能被劳动监察部门责令整改或罚款。
  应对建议：
  
• 总包单位应留存工资表的农民工签字原件、分包单位提交工资表的书面记录（如邮件、微信等）、银行代发转账凭证等证据；
  
• 若分包单位拒绝盖章，可通过书面函件要求分包单位确认工资表内容，或要求分包单位出具《工资代发确认书》；
  
• 在合同中明确约定“分包单位未盖章不影响工资代发效力，但分包单位需对工资表真实性负责”。

3. 补救措施：未盖章情况下的合法化路径

若工资已发放但未盖章，可通过以下方式补救：

• 事后追认：要求分包单位在工资表上补盖公章或项目章，并注明“此章仅确认工资表内容，不作为其他用途”；
  
• 公证或见证：对工资表及代发凭证进行公证，或邀请第三方（如监理单位、建设单位）见证工资发放过程；
  
• 农民工确认：要求农民工出具《工资收到确认书》，明确工资已足额发放，并注明“与分包单位无关”。
  

总结：未盖章不必然导致工资发放无效，但总包单位需通过证据固定工资表真实性、农民工确认情况及代发流程合规性。若您遇到具体争议，可提供工资表、代发凭证等材料，我将进一步分析风险点并制定应对方案。