针对您提出的“总包单位代发工资，施工单位（这里主要指分包单位）应如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、总包单位代发工资的法律依据与制度背景
根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，在工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。这一制度旨在保障农民工的合法权益，减少工资拖欠现象，并促进建筑行业的健康发展。因此，总包单位代发工资是符合法律规定的，且分包单位（即您所指的施工单位）需要积极配合这一制度的实施。
二、分包单位（施工单位）的具体处理流程
设立专用账户（虽主要由总包单位设立，但分包单位需了解并配合）：
- 总包单位会在工程项目所在地银行开设“农民工工资专用账户”，用于支付该项目农民工的工资。分包单位应了解这一账户的存在，并确保与总包单位在工资支付方面的沟通顺畅。
编制与提交工资支付表：
- 分包单位需按月考核农民工的工作量，并据此编制工资支付表。该表应包含农民工的姓名、身份证号、工作天数、应发工资等详细信息。
- 工资支付表需经农民工本人签字确认后，连同当月工程进度情况一并提交给总包单位。这是确保工资发放准确无误的重要环节。
配合总包单位审核与代发工资：
- 总包单位会对分包单位提交的工资支付表进行审核，确认无误后，通过农民工工资专用账户将工资直接支付到农民工本人的银行账户。
- 分包单位应积极配合总包单位的审核工作，提供必要的支持和协助，确保工资能够按时足额发放。
三、分包单位（施工单位）的责任与义务
准确核算与提供工资支付信息：
- 分包单位需负责准确核算农民工的工作量和工资，确保提供的工资支付表真实、完整。这是分包单位在代发工资制度中的核心责任。
实名制管理与工资支付直接责任：
- 分包单位应对所招用农民工进行实名制管理，并对其工资支付负直接责任。这意味着分包单位需确保农民工的工资得到及时、足额的支付。
承担法律责任：
- 若因分包单位提供虚假信息或管理不善导致工资发放问题，分包单位需承担相应的法律责任。这包括但不限于赔偿农民工的损失、接受行政处罚等。
四、总包单位代发工资的意义与影响
对农民工的保障：
- 总包单位代发工资减少了工资发放的中间环节，降低了农民工被拖欠工资的风险。这确保了农民工能够及时、足额收到工资，保障了其基本生活和合法权益。
对建筑行业的规范：
- 这一制度有助于规范建筑市场秩序，减少因工资纠纷引发的社会不稳定因素。它提升了建筑行业的整体形象和信誉，促进了建筑行业的健康、可持续发展。
五、建议与总结
- 加强沟通与协作：分包单位应与总包单位保持密切的沟通与协作，确保工资支付信息的准确无误和及时传递。
- 完善内部管理：分包单位应完善内部管理机制，加强对农民工的实名制管理和工资核算工作，确保工资支付的准确性和及时性。
- 遵守法律法规：分包单位应严格遵守相关法律法规和制度要求，确保农民工工资的按时足额发放，维护农民工的合法权益和建筑行业的健康发展。
综上所述，总包单位代发工资是符合法律规定且行之有效的措施。分包单位（施工单位）应积极配合这一制度的实施，确保农民工工资的按时足额发放，共同促进建筑行业的健康发展。