结论：在农民工工资案件已在法院立案的情况下申请撤诉，相关材料一般不会退还，但您可以获得撤诉裁定书等法律文书作为案件处理的证明。

详细分析：

1. 撤诉的法律后果：

   • 当您在法院立案后申请撤诉，法院会审查您的撤诉申请是否符合法律规定。如果符合，法院会作出撤诉裁定，终结案件的诉讼程序。
   • 撤诉后，案件将不再继续审理，您作为原告将失去通过该次诉讼解决纠纷的机会（除非您再次起诉）。

2. 材料的处理：

   • 在撤诉过程中，您提交给法院的所有材料，包括起诉状、证据等，通常会成为法院案件卷宗的一部分，用于记录案件的处理过程和结果。
   • 这些材料一般不会退还给您，因为它们是法院审理案件的重要依据。但是，您可以向法院申请复印或复制这些材料，以备不时之需。
   • 撤诉后，法院会给您一份撤诉裁定书，这是证明您已经撤诉的法律文书，您可以妥善保管。

3. 特殊情况下的材料退还：

   • 在极少数情况下，如果法院认为某些材料对于您来说具有特别重要的价值，且退还这些材料不会影响案件的审理和记录，法院可能会考虑退还部分材料。但这种情况非常罕见，且需要您向法院提出明确的申请并说明理由。

4. 建议与注意事项：

   • 在申请撤诉前，请务必考虑清楚撤诉的后果和可能带来的影响。一旦撤诉，您可能失去通过诉讼解决纠纷的机会。
   • 如果您决定撤诉，建议向法院提交一份书面撤诉申请，并明确说明撤诉的理由和请求。
   • 撤诉后，如果您仍然希望解决纠纷，可以考虑通过其他途径，如协商、调解或仲裁等。

后续行动建议：

• 如果您已经决定撤诉，可以向法院提交撤诉申请，并等待法院的撤诉裁定。
• 在撤诉过程中，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。