已经退还非法获取的工资，仍有可能被立案。具体是否立案，取决于多个因素，以下从不同角度进行分析：
一、立案与否取决于犯罪性质和情节
犯罪性质恶劣：如果非法获取工资的行为构成了严重的犯罪，比如涉及诈骗、贪污等，那么即使已经退还了非法所得，司法机关仍有可能立案侦查。因为这类犯罪不仅侵犯了财产权，还可能对社会公共利益造成重大威胁。
犯罪情节严重：除了犯罪性质，犯罪情节也是决定是否立案的重要因素。如果非法获取工资的行为情节严重，比如涉及金额巨大、手段恶劣等，那么司法机关同样有可能立案。
二、退还行为可作为量刑考量因素
虽然退还非法获取的工资并不能完全免除法律责任，但这一行为在量刑时可能会被视为一个减轻刑罚的因素。法院在审理案件时，会综合考虑犯罪的性质、情节以及犯罪后的表现等因素，来决定最终的刑罚。因此，退还行为有可能在一定程度上减轻犯罪者的刑罚。
三、具体案例分析
以诈骗罪为例，如果某人通过非法手段获取了工资，并构成了诈骗罪，那么即使他在立案前退还了全部赃款，司法机关仍有可能立案侦查。因为诈骗罪的成立并不完全取决于是否退还了赃款，而是取决于犯罪嫌疑人是否具有非法占有的主观意图，以及其行为是否达到了诈骗罪的构成要件。然而，退还行为可能会在量刑时被视为一个积极因素，从而减轻刑罚。
四、法律建议
主动配合调查：如果发现自己可能涉及非法获取工资的行为，建议主动配合司法机关的调查，并如实陈述事实。
积极退还非法所得：如果确实非法获取了工资，应尽快退还，以减轻可能的法律责任。
寻求专业法律帮助：在面对此类法律问题时，建议寻求专业律师的帮助，以便更好地了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
举例说明：假设某人通过伪造文件等手段非法获取了工资，并在事后退还了全部款项。然而，由于其行为已经构成了诈骗罪，司法机关仍有可能立案侦查。在审理过程中，法院会综合考虑其退还行为以及其他因素，来决定最终的刑罚。
综上所述，已经退还非法获取的工资并不能完全免除被立案的可能性。是否立案取决于犯罪的性质、情节以及相关的法律规定。因此，建议遵守法律法规，不要从事任何非法活动。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。