将运费计入农民工工资是违法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，农民工工资应当以货币形式，通过银行转账或者现金支付给农民工本人，不得以实物或者有价证券等其他形式替代。运费通常属于与工作相关的费用支出，它并不构成农民工的劳动报酬，即工资的一部分。将运费计入农民工工资，实际上是在规避用人单位支付运费的责任，同时也可能损害农民工的合法权益，如影响工资的准确计算、社保缴纳基数等。

实际操作角度

1. 工资计算：如果运费被计入工资，那么农民工的实际工资水平就会被虚高，这可能导致在计算加班费、经济补偿金等时出现不准确的情况，从而损害农民工的利益。
2. 税务问题：运费和工资在税务处理上也是不同的。将运费计入工资可能导致税务申报的不准确，进而可能引发税务风险。
3. 社保缴纳：社保缴纳基数通常是根据工资水平来确定的。如果运费被计入工资，那么社保缴纳基数也会相应提高，这虽然看似对农民工有利，但实际上可能增加了用人单位的负担，而且如果这种计入方式不被社保部门认可，还可能导致社保缴纳的不合规。

法律后果

如果用人单位将运费计入农民工工资，一旦被发现，可能会面临劳动行政部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。同时，这种行为也可能引发劳动争议，用人单位可能需要承担支付拖欠工资、经济补偿金等法律责任。

建议

1. 明确区分：用人单位应当明确区分工资和运费等费用支出，确保工资的准确计算和支付。
2. 合规操作：在支付运费时，用人单位应当与农民工签订相关的费用支付协议，明确费用的性质、金额和支付方式等，以避免不必要的法律纠纷。
3. 咨询专业意见：如果用人单位对如何合规支付农民工工资和运费等费用存在疑问，建议咨询专业的劳动法律师或相关机构，以确保合规操作。

如果你或你身边的农民工朋友遇到了类似的问题，或者有任何关于劳动纠纷的疑问，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。