结论：自动投案并主动交代司法机关已经掌握的罪行，一般不构成自首，但在特定情形下，如如实供述的同种罪行较重，或者存在其他特殊情节，可能影响量刑，法院会酌情或从轻处罚。
一、法律基础与自首的认定标准
根据《中华人民共和国刑法》第六十七条的规定，自首需满足两个核心条件：一是自动投案，二是如实供述自己的罪行。这里的“如实供述自己的罪行”，通常指的是供述司法机关尚未掌握的罪行，或者与司法机关已掌握的罪行属不同种罪行。对于司法机关已经掌握的罪行，即使犯罪嫌疑人自动投案并如实交代，一般也不直接认定为自首。
二、主动交代已掌握罪行的情形分析
一般情形：
- 如果犯罪嫌疑人自动投案后，仅如实交代了司法机关已经掌握的罪行，而没有交代其他未被掌握的罪行，或者交代的罪行与司法机关已掌握的罪行属同种性质，那么这种行为通常不被认定为自首。
- 实例：甲因涉嫌盗窃被公安机关立案侦查，后甲自动投案并如实交代了盗窃事实，但该盗窃事实已被公安机关掌握。在此情况下，甲的行为不构成自首。
特殊情形：
- 如果犯罪嫌疑人如实供述的同种罪行较重，或者存在其他特殊情节（如主动退赃、赔偿损失、取得被害人谅解等），虽然不直接认定为自首，但法院在量刑时会考虑这些情节，酌情或从轻处罚。
- 实例：乙因诈骗罪被捕，羁押期间主动交代了司法机关尚未掌握的几起同类型诈骗事实，且这些诈骗事实的金额较大。虽然乙的行为不构成余罪自首，但法院在量刑时会考虑其主动交代且诈骗金额较大的情节，给予适当从宽处理。
三、自首的特殊情形与量刑考量
余罪自首：
- 根据最高人民法院《关于处理自首和立功具体应用法律若干问题的解释》，被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯，如实供述司法机关还未掌握的本人其他罪行的，以自首论。这里的“其他罪行”指的是与司法机关已掌握的罪行属不同种罪行。
- 实例：丙因故意伤害罪被捕，羁押期间主动交代了司法机关尚未掌握的抢劫罪行。在此情况下，丙的行为构成余罪自首，法院会依法从轻或减轻处罚。
量刑考量：
- 即使犯罪嫌疑人的行为不构成自首，但其在自动投案后如实供述罪行、认罪态度好、有悔罪表现等情节，都会成为法院量刑时的考量因素。法院会根据具体情况，酌情或从轻处罚。
四、建议与注意事项
如实供述罪行：
- 犯罪嫌疑人在自动投案后，应如实供述自己的罪行，包括司法机关已经掌握的和尚未掌握的罪行。这是争取从轻或减轻处罚的关键。
积极配合司法机关：
- 犯罪嫌疑人应积极配合司法机关的调查和审判工作，如实提供证据和线索，协助司法机关查明事实真相。
寻求专业法律帮助：
- 在处理此类案件时，建议犯罪嫌疑人及其家属及时向我咨询，以获取最准确的法律意见和辩护策略。我会根据具体情况，为犯罪嫌疑人提供全面的法律帮助和辩护服务。
总结：自动投案并主动交代司法机关已经掌握的罪行，一般不构成自首。但在特定情形下，如如实供述的同种罪行较重或存在其他特殊情节，可能影响量刑。因此，犯罪嫌疑人在自动投案后，应如实供述罪行并积极配合司法机关的工作，同时寻求专业法律帮助以争取最有利的法律后果。