工程官司中有合同并不意味着必须完全按照合同判决，法院会结合实际情况和法律规定进行综合判断。以下从几个方面详细分析：

1. 合同的有效性：

   • 如果合同本身存在无效情形，如违反法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等导致合同无效的因素，那么合同中的相关条款将不会被法院采纳，自然也就不会完全按照合同判决。例如，若合同中约定的工程价款明显低于成本价，且存在一方利用优势地位强迫另一方签订的情况，该条款可能被认定为无效。

2. 合同的履行情况：

   • 即使合同有效，但如果一方在履行合同过程中存在违约行为，如未按约定时间完成工程、工程质量不达标等，法院在判决时也会考虑这些违约情况，并可能对合同中的相关条款进行调整或不予采纳。比如，若承包方未按约定时间完成工程，导致发包方遭受损失，法院可能会判决承包方承担违约责任，并相应调整工程价款或赔偿金额。

3. 法律规定的适用：

   • 在建设工程领域，存在许多强制性法律规定，如关于工程质量、安全、工期等方面的规定。如果合同中的条款与这些强制性规定相冲突，法院将优先适用法律规定，而不会完全按照合同判决。例如，若合同中约定的工期短于法定最低工期，法院在判决时可能会以法定工期为准。

4. 公平原则和诚实信用原则：

   • 法院在审理案件时，还会遵循公平原则和诚实信用原则。如果按照合同判决会导致双方利益严重失衡，或者一方利用合同条款进行不正当利益获取，法院可能会对合同条款进行调整或不予采纳，以维护公平和正义。比如，若合同中约定的违约金过高，远超过实际损失，法院可能会根据公平原则对违约金进行调整。

建议：

• 在签订建设工程合同时，双方应确保合同内容合法、有效，并明确约定各自的权利和义务，以减少纠纷的发生。
• 在合同履行过程中，双方应严格按照合同约定履行义务，避免出现违约行为。
• 如果发生纠纷，双方应首先尝试通过协商、调解等方式解决；如果无法解决，可以寻求法律途径解决，并在诉讼过程中积极提供证据，以支持自己的主张。

如有任何关于建设工程合同纠纷的具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。