若法院已判决工程合同有效，但合同客观上无法继续履行，可分以下情况处理：

1. 因客观原因无法履行（如工程被政府征收、规划调整、不可抗力等）
   根据《民法典》第563条，若因不可抗力、政府行为等客观原因导致合同目的无法实现，双方可协商解除合同。若协商不成，可向法院起诉要求解除合同，并主张以下权利：

   • 已履行部分的结算：已完成工程量需按合同约定或实际价值结算，发包方应支付对应工程款；
     
   • 损失赔偿：若因对方原因导致合同无法履行（如发包方未及时提供施工条件），可要求赔偿实际损失（如材料费、人工费、预期利润等）；
     
   • 违约金主张：若合同约定了违约金条款，可同时主张违约金与实际损失（但需注意法院可能根据损失填补原则调整金额）。

2. 因一方违约导致无法履行（如承包方资质造假、发包方拒付工程款等）
   若合同无法履行系因一方违约，非违约方可依据《民法典》第577条要求违约方承担违约责任，具体方式包括：

   • 继续履行：若违约方能消除障碍（如补办资质、支付欠款），法院可能判决强制履行；
     
   • 赔偿损失：若继续履行已不可能，非违约方可要求违约方赔偿全部损失（包括直接损失和可得利益损失）；
     
   • 解除合同：非违约方有权单方解除合同，并要求违约方返还已付款项、赔偿损失。

3. 合同部分无法履行，但剩余部分仍可继续
   若工程因设计变更、规划调整等原因导致部分无法履行，双方可协商变更合同内容（如调整工程量、工期、价款等）。若协商不成，可依据《民法典》第533条主张“情势变更”，请求法院变更或解除合同，并公平分配风险。

实务建议：

• 固定证据：立即收集合同、施工记录、沟通函件、政府文件等证据，证明合同无法履行的具体原因及己方损失；
  
• 协商优先：尝试与对方达成书面协议，明确解除合同、结算款项、赔偿损失等事项，降低诉讼成本；
  
• 及时起诉：若协商无果，需在诉讼时效内（通常3年）向法院起诉，避免因拖延导致权利丧失。
  

若您有具体合同条款、无法履行的原因等细节，可进一步向我说明，我会结合实际情况为您分析风险点及应对策略。