结论：您儿子因过失罪被判三年，单位将其开除，这一行为是否合法，主要取决于您儿子与单位签订的劳动合同中的相关约定以及单位规章制度的具体规定。若劳动合同或规章制度中明确规定了因过失犯罪被判刑属于严重违反单位规章制度，单位有权解除劳动合同，则单位开除您儿子的行为可能是合法的；反之，则可能构成违法解除，您儿子有权要求单位承担相应的法律责任。
分析：
劳动合同与规章制度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则订立劳动合同。劳动合同中应当明确双方的权利和义务，包括但不限于工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬、社会保险、劳动保护、劳动条件和职业危害防护等。
- 同时，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。劳动规章制度应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并公示或者告知劳动者。
- 在您儿子的情况下，如果劳动合同或单位规章制度中明确规定了因过失犯罪被判刑属于严重违反单位规章制度，单位有权解除劳动合同，那么单位开除您儿子的行为就可能是基于合同和规章制度的合法行为。
违法解除的法律后果：
- 如果单位开除您儿子的行为违反了劳动合同或规章制度的规定，或者没有明确的合同或规章制度依据，那么这一行为就可能构成违法解除劳动合同。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。经济补偿的标准是按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
特殊情况下的处理：
- 您提到单位对特殊情况可以不开除，这通常指的是在劳动合同或规章制度中可能规定的某些特殊情形下，即使劳动者存在过错，单位也不得解除劳动合同。这些特殊情形可能包括但不限于劳动者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力、劳动者在孕期、产期、哺乳期等。
- 在您儿子的情况下，如果他的过失犯罪并不属于劳动合同或规章制度中规定的可以解除劳动合同的情形，且不存在其他特殊情形（如因工负伤等），那么单位开除他的行为就可能缺乏合法依据。
建议：
- 首先，建议您仔细审查您儿子与单位签订的劳动合同以及单位的规章制度，了解其中关于解除劳动合同的具体规定。
- 其次，如果认为单位开除您儿子的行为缺乏合法依据，您可以与单位进行协商，要求单位撤销开除决定并恢复劳动关系；如果协商不成，您可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求单位承担违法解除劳动合同的法律责任。
- 最后，在整个过程中，建议您保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。如有需要，您可以随时向我咨询相关法律问题。