结论：养殖棚损坏后能否翻修以及是否违法，需根据具体情况判断，包括养殖棚的合法性、翻修是否符合规定以及是否侵犯他人权益等。以下从不同角度进行分析：

一、养殖棚的合法性

1. 合法建造的养殖棚：

   • 如果养殖棚是依法建造，拥有合法的土地使用权和建设许可，那么在损坏后进行翻修通常是合法的。
   • 翻修时需确保符合当地的建设规划和环保要求，避免对环境造成污染或破坏。

2. 非法建造的养殖棚：

   • 如果养殖棚是未经批准擅自建造的，即属于违法建筑，那么翻修行为可能也会受到限制或禁止。
   • 在这种情况下，翻修前可能需要先补办相关手续或接受处罚，否则可能面临被拆除的风险。

二、翻修是否符合规定

1. 符合建设规划：

   • 翻修养殖棚时，需确保翻修方案符合当地的建设规划要求，包括建筑高度、面积、结构等。
   • 如果翻修方案违反了建设规划，可能会被相关部门要求整改或停止翻修。

2. 环保要求：

   • 养殖棚的翻修还需考虑环保因素，如废水、废气、废渣的处理等。
   • 如果翻修过程中或翻修后养殖棚的运营对环境造成污染，可能会面临环保部门的处罚。

三、是否侵犯他人权益

1. 相邻权：

   • 翻修养殖棚时，需确保不侵犯相邻土地使用者的权益，如不影响其采光、通风、排水等。
   • 如果翻修行为对相邻方造成了损害，可能需要承担相应的赔偿责任。

2. 公共利益：

   • 养殖棚的翻修还需考虑是否符合公共利益，如是否影响公共安全、交通等。
   • 如果翻修行为对公共利益造成了损害，可能会受到相关部门的干预或禁止。

四、法律建议

1. 在翻修前：

   • 建议先咨询当地的建设规划部门或环保部门，了解翻修的具体要求和流程。
   • 同时，检查养殖棚的合法性，确保拥有合法的土地使用权和建设许可。

2. 在翻修过程中：

   • 遵守相关的建设规划和环保要求，确保翻修行为合法合规。
   • 注意保护相邻方的权益，避免引发纠纷。

3. 在翻修后：

   • 确保养殖棚的运营符合环保要求，避免对环境造成污染。
   • 如果遇到任何法律问题或纠纷，及时寻求法律帮助或咨询专业律师（即我，林珠律师，专注于合同纠纷、侵权纠纷领域）。

总结：养殖棚损坏后能否翻修以及是否违法，需根据养殖棚的合法性、翻修是否符合规定以及是否侵犯他人权益等多方面因素进行综合判断。在翻修前，建议先咨询相关部门并检查养殖棚的合法性；在翻修过程中，需遵守相关规定并保护相邻方的权益；在翻修后，需确保养殖棚的运营符合环保要求。如有任何法律问题或纠纷，可直接向我咨询。