员工私自出售公司财物，两年后被发现，公司可依法追究其法律责任，具体处理方式需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 刑事责任角度
   若员工私自出售的财物价值达到刑事立案标准（如盗窃罪的“数额较大”标准，通常为1000元至3000元以上，具体以当地规定为准），即使时隔两年，公司仍可向公安机关报案。根据《刑法》第八十七条，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年，因此两年未过追诉期。若构成职务侵占罪（利用职务便利侵占公司财物），追诉时效同样为五年，公司可要求追究其刑事责任。

2. 民事责任角度
   无论是否构成犯罪，员工均需承担民事赔偿责任。公司可依据《民法典》第一千一百六十五条，要求员工返还出售财物所得或赔偿财物损失。若财物已无法追回，公司需提供财物价值证据（如购买发票、评估报告等），以支持赔偿请求。

3. 劳动争议角度
   若员工行为违反公司规章制度（如《员工手册》中明确禁止私自处置公司财物），公司可依据《劳动合同法》第三十九条，以“严重违反用人单位规章制度”为由解除劳动合同，且无需支付经济补偿。但需注意：

   • 规章制度需经民主程序制定并公示；
     
   • 解除程序需合法（如提前通知工会、送达解除通知等）。

4. 时效问题补充说明

   • 刑事追诉时效：如前所述，五年内均可追责；
     
   • 民事诉讼时效：一般为三年，自公司知道或应当知道权利受损之日起计算。若公司两年后才发现，需证明此前不知情（如未定期盘点、员工刻意隐瞒等），否则可能面临时效抗辩风险。

建议行动步骤：

1. 立即固定证据（如财物清单、出售记录、员工承认事实的书面材料等）；
   
2. 咨询律师评估是否构成犯罪及证据充分性；
   
3. 根据律师意见决定是否报案或提起民事诉讼；
   
4. 若涉及劳动争议，同步准备解除劳动合同的合法程序。
   

如有进一步细节（如财物价值、员工职位、公司规章制度等），可向我补充说明，以便更精准分析。