结论：第二次劳动合同在二次诉讼期到期但职工仍在单位继续上班，这种情况是合法的，双方形成了事实劳动关系。不过，用人单位和劳动者都需要注意相关的法律后果和权利义务。
法律背景与规定：
事实劳动关系的形成：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关司法解释，劳动合同期满后，如果用人单位未与劳动者续签书面劳动合同，但劳动者继续在用人单位工作，双方即形成事实劳动关系。这意味着，即使没有书面的劳动合同，劳动者和用人单位之间的劳动关系依然存在，并受到法律的保护。
无固定期限劳动合同的签订条件：
- 如果劳动者已经连续签订了两次固定期限劳动合同，并且满足《劳动合同法》第十四条规定的条件（如劳动者没有严重违反用人单位规章制度等情形），那么在续订劳动合同时，除劳动者提出订立固定期限劳动合同外，用人单位应当与劳动者订立无固定期限劳动合同。
双倍工资差额的规定：
- 如果用人单位在劳动合同期满后超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同，根据法律规定，需要向劳动者每月支付二倍的工资。这是为了督促用人单位及时与劳动者签订书面劳动合同，保障劳动者的合法权益。
法律建议与操作：
与劳动者沟通并补签劳动合同：
- 用人单位应尽快与劳动者进行沟通，明确双方的意愿和期望，并尝试补签一份新的劳动合同。这有助于明确双方的权利和义务，避免未来可能出现的纠纷。如果劳动者同意，可以签订无固定期限劳动合同，以增强劳动者的归属感和稳定性。
支付双倍工资差额（如适用）：
- 如果用人单位在劳动合同期满后超过一个月未与劳动者签订书面劳动合同，根据法律规定，需要向劳动者支付双倍工资差额。用人单位应计算并支付这部分费用，以避免可能的法律风险。
完善内部管理制度：
- 用人单位应借此机会完善内部管理制度，特别是关于劳动合同签订和管理的流程。确保未来能够及时、准确地与劳动者签订劳动合同，避免类似情况再次发生。
可能的法律后果：
- 如果用人单位未与劳动者签订书面劳动合同，并且超过了法律规定的期限，那么用人单位可能需要支付双倍工资差额。
- 如果劳动者因此提起劳动仲裁或诉讼，用人单位可能需要承担相应的法律责任，包括支付赔偿金、继续履行劳动合同等。
特殊情况考虑：
- 如果劳动者在劳动合同期满后继续工作，但用人单位明确表示不愿意续签劳动合同，并且劳动者也同意终止劳动关系，那么双方可以协商终止劳动关系，并按照法律规定支付相应的经济补偿。
- 如果劳动者在劳动合同期满后继续工作，但用人单位未表示异议，也未与劳动者签订书面劳动合同，那么双方形成事实劳动关系。在这种情况下，如果用人单位想要终止劳动关系，需要按照法律规定提前通知劳动者，并支付相应的经济补偿。
总结与提醒：
- 第二次劳动合同在二次诉讼期到期但职工仍在单位继续上班是合法的，双方形成了事实劳动关系。
- 用人单位和劳动者都需要注意相关的法律后果和权利义务，及时沟通并补签劳动合同，以避免可能的法律风险。
- 如果用人单位或劳动者有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。