司法鉴定实际使用的方法与鉴定报告中写的不一致，确实构成程序硬伤，且可能影响实体审理。以下从多个角度对此问题进行分析：
一、程序硬伤的角度
鉴定程序的合法性：
- 司法鉴定必须遵循严格的法定程序，包括鉴定方法的选择、实施和记录等。如果实际使用的方法与鉴定报告中记载的不一致，这直接违反了鉴定程序的合法性要求。
- 鉴定程序的不合法可能导致鉴定意见的无效，因为合法的程序是保证鉴定意见客观、公正、科学的基础。
鉴定意见的采信：
- 在诉讼中，鉴定意见作为证据的一种，其采信必须满足合法性、关联性和真实性的要求。程序硬伤，如鉴定方法的不一致，会严重影响鉴定意见的合法性，进而影响其被采信的可能性。
- 法院在审查鉴定意见时，会严格审查鉴定程序的合法性。如果发现鉴定方法不一致等程序问题，法院可能会排除该鉴定意见，或者要求重新鉴定。
二、影响实体审理的角度
事实认定的准确性：
- 司法鉴定在诉讼中往往用于解决专门性问题，如伤情鉴定、物证鉴定等。这些鉴定意见对法院认定事实具有重要影响。
- 如果鉴定方法不一致，可能导致鉴定意见的不准确，进而影响法院对案件事实的认定。错误的鉴定意见可能导致法院作出错误的判决或裁定。
当事人的合法权益：
- 鉴定意见的不准确可能直接损害当事人的合法权益。例如，在刑事诉讼中，错误的伤情鉴定可能导致被告人被错误地定罪量刑；在民事诉讼中，错误的物证鉴定可能导致当事人承担不应有的赔偿责任。
- 因此，鉴定方法的一致性对于保护当事人的合法权益至关重要。
三、法律后果与应对措施
法律后果：
- 如果发现司法鉴定实际使用的方法与鉴定报告中写的不一致，当事人可以及时向法院提出异议，要求排除该鉴定意见或要求重新鉴定。
- 法院在审查后，如果认为异议成立，可能会排除该鉴定意见，或者根据案件情况决定是否需要重新鉴定。
应对措施：
- 当事人在收到鉴定意见后，应仔细审查鉴定报告的内容，包括鉴定方法、鉴定过程、鉴定结论等。
- 如果发现鉴定方法不一致等问题，应及时向法院提出书面异议，并附上相关证据材料。
- 在诉讼过程中，当事人也可以积极寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来看，司法鉴定实际使用的方法与鉴定报告中写的不一致，不仅构成程序硬伤，还可能影响实体审理。因此，当事人在诉讼过程中应高度重视鉴定意见的合法性和准确性，及时提出异议并寻求专业律师的帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。