对水事违法行为超出两年未被发现的，一般不再给予行政处罚，但法律另有规定的除外；若违法行为涉嫌犯罪，则不受两年期限限制，仍可依法追究刑事责任。以下是详细分析：

1. 行政处罚的时效性：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。
   • 对于水事违法行为，如果其在两年内未被相关部门发现，那么原则上就不再对该违法行为进行行政处罚。这里的“未被发现”指的是行政机关未立案或受理，且违法行为人未被采取强制措施等情况。

2. 时效期限的计算：

   • 违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。这意味着，如果水事违法行为是持续进行的，那么时效期限将从该行为结束之日起开始计算。
   • 对于追责期限的判定，应由行政机关举证证明违法行为被发现的时间，而非由违法行为人证明其违法行为未被发现。

3. 例外情形：

   • 如果水事违法行为涉嫌犯罪，那么即使超出了两年的期限，仍然可以依法追究其刑事责任。因为刑事责任的追究不受行政处罚时效期限的限制。
   • 如果法律对水事违法行为的处罚时效有特别规定，那么应按照该特别规定执行。

4. 实际处理建议：

   • 对于水事违法行为人而言，如果其违法行为已经超出了两年的期限，且未被相关部门发现，那么原则上可以不再担心受到行政处罚。但是，如果违法行为涉嫌犯罪，或者法律有特别规定，那么仍需承担相应的法律责任。
   • 对于行政机关而言，在发现水事违法行为后，应及时进行立案调查，并在法定的时效期限内作出行政处罚决定。如果因故未能及时作出处罚决定，且超出了时效期限，那么应依法不再给予行政处罚，但可以采取其他措施，如责令改正、恢复原状等。

温馨提示：水事违法行为的处理涉及复杂的法律程序和专业知识，如果在实际操作中遇到问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。