结论前置：公司按旷工扣您工资的做法不一定合法，具体是否合理需结合实际情况判断，您可以先尝试与公司协商，协商不成可通过劳动监察投诉或申请劳动仲裁来维权。以下为详细分析：
从公司扣工资的合法性角度分析
- 若公司规章制度合法且您确实属于旷工
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若公司规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，且该规章制度是经过民主程序制定、已向您公示或者告知，同时您确实存在未经批准擅自离职（旷工）的行为，给公司造成了一定损失，那么公司按照规章制度扣除您部分工资作为赔偿，在不超过当月工资20%的范围内，是有一定合法性的。
- 例如，公司规定旷工一天扣当天工资，且您旷工一天，当天工资占当月工资比例未超过20%，这种情况下公司扣除工资相对合理。
- 若公司规章制度不合法或者您不属于旷工
- 如果公司的规章制度没有经过民主程序制定，或者没有向您公示、告知，那么该规章制度对您不产生法律效力，公司依据此规章制度扣除您工资就是违法的。
- 另外，如果您是因为家里突发紧急且重大的事情，在提前告知公司相关情况（如通过电话、短信等方式尽量说明情况）后离职，并非故意旷工，那么公司将您的行为认定为旷工并扣工资也是不合理的。比如家里老人突发重病需要立即送医，您在紧急情况下先行离开工作岗位，之后及时补办了请假手续或者向公司说明了情况，公司不应按旷工处理。
维权途径
- 与公司协商
- 您可以先与公司的人力资源部门或者相关负责人进行沟通，向他们说明家里有事自离的具体原因，提供相应的证明材料（如医院诊断证明、亲属病情说明等），争取公司理解并撤销不合理的扣工资决定，补发被扣除的工资。
- 向劳动监察部门投诉
- 如果协商无果，您可以向当地劳动监察大队进行投诉。劳动监察部门有权对用人单位的劳动用工行为进行监督检查，对于公司违法扣除工资的行为，会责令公司限期支付被扣除的工资，逾期不支付的，还会责令公司按应付金额50%以上100%以下的标准向您加付赔偿金。
- 申请劳动仲裁
- 您也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁申请中，您需要明确自己的仲裁请求，如要求公司支付被扣除的工资及相应的经济补偿等，并提交相关的证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录、证明家里有事的相关材料等，以证明公司的扣工资行为违法，维护自己的合法权益。