宅基地纠纷中，若协议仅规定了义务而未明确权利，该协议并不必然无效，但其效力及履行可能受到一定影响，具体需结合协议内容、签订目的及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 协议效力的基本原则

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为的有效要件包括：行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定、不违背公序良俗。若宅基地纠纷协议满足上述要件，即使仅规定了义务而未明确权利，该协议在形式上仍可能被认定为有效。然而，权利与义务的平衡是合同的基本原则，若协议中义务的履行缺乏对应权利的保障，可能影响协议的公平性和实际履行效果。

2. 协议内容对效力的影响

• 若协议虽未明确权利，但义务内容合法且可履行：例如，协议约定一方需在特定时间内腾退宅基地，但未明确腾退后另一方的补偿或使用权归属。此类协议中，腾退义务本身合法且可履行，协议可能被认定为有效，但未明确的权利部分可能引发后续纠纷。
• 若协议义务违反法律规定或公序良俗：例如，协议约定一方需无偿放弃宅基地使用权，且未给予任何补偿。此类协议可能因违反公平原则或损害一方合法权益而被认定为无效或可撤销。

3. 权利缺失对协议履行的影响

• 履行障碍：若协议中仅规定义务而未明确权利，义务方可能因缺乏对应权利保障而拒绝履行义务，导致协议无法实际履行。
• 纠纷风险：权利缺失可能引发双方对协议目的、履行方式等产生争议，增加诉讼或仲裁风险。

4. 法律建议

• 完善协议内容：在签订宅基地纠纷协议时，应明确双方的权利与义务，确保协议内容合法、公平且可履行。例如，约定腾退宅基地的同时，应明确补偿方式、金额及宅基地后续使用权归属等。
• 咨询专业律师：宅基地纠纷涉及复杂的法律关系和地方政策，建议在签订协议前咨询专业律师，确保协议内容符合法律规定且能有效维护自身权益。
• 保留证据：在协议履行过程中，应保留相关证据（如转账记录、沟通记录等），以备在发生纠纷时证明自身主张。

5. 可能后果

• 若协议被认定为有效：双方应按协议约定履行义务，否则可能承担违约责任。
• 若协议被认定为无效或可撤销：双方应返还因协议取得的财产或赔偿损失，具体后果需根据协议内容、履行情况及法律规定综合判断。

总结：宅基地纠纷协议仅规定义务而未明确权利，并不必然导致协议无效，但可能影响协议的公平性和实际履行效果。建议在签订协议前咨询专业律师，完善协议内容，明确双方权利与义务，以降低纠纷风险。如有具体法律问题，可直接向我咨询。