宅基地证只有一人的名字，但与其兄弟签了共有协议，在出现纠纷时，该协议在符合法定条件的情况下是具有法律效力的。以下从不同角度为您详细分析：
协议本身的法律效力
协议性质：
- 宅基地共有协议属于民事合同范畴，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方意思表示真实，该协议即具有法律效力。
协议形式：
- 虽然法律并未明确规定宅基地共有协议必须采用书面形式，但为了证明协议的存在及其内容，避免日后产生纠纷，建议采用书面形式签订协议，并由双方签字或盖章确认。
协议在纠纷中的证明力
证据效力：
- 在发生纠纷时，宅基地共有协议可以作为证明双方对宅基地享有共有权利的重要证据。如果协议内容明确、具体，且能够与其他证据相互印证，那么该协议在诉讼中通常会被法院采纳作为认定事实的依据。
举证责任：
- 如果一方主张宅基地共有协议的存在及其内容，而另一方予以否认，那么主张协议存在的一方需要承担举证责任。这通常包括提供协议原件、证人证言、录音录像等证据来证明协议的存在及其内容。
协议执行中的注意事项
协议履行：
- 双方应严格按照协议约定履行各自的义务，包括但不限于对宅基地的使用、管理、收益分配等。如果一方未履行或未完全履行协议义务，另一方有权要求其承担违约责任。
协议变更与解除：
- 如果双方需要变更或解除宅基地共有协议，应协商一致并签订书面变更或解除协议。未经对方同意，任何一方不得擅自变更或解除协议。
法律风险防范：
- 在签订宅基地共有协议前，双方应充分了解相关法律法规和政策规定，确保协议内容合法合规。同时，可以考虑在协议中约定争议解决方式，如仲裁或诉讼等，以便在发生纠纷时能够及时、有效地解决。
特殊情况下的协议效力
宅基地使用权转让限制：
- 根据相关法律法规规定，宅基地使用权不得单独转让，必须与住房一并转让。因此，如果宅基地共有协议中涉及宅基地使用权的转让，需要确保该转让符合法律法规的规定，否则可能导致协议部分或全部无效。
家庭成员内部协议：
- 如果宅基地共有协议是在家庭成员内部签订的，且涉及家庭共有财产的分割或处置，那么该协议可能受到家庭关系、伦理道德等因素的影响。在处理此类纠纷时，法院可能会综合考虑多种因素来认定协议的效力。
建议：在签订宅基地共有协议时，务必确保协议内容合法合规、明确具体，并尽量采用书面形式签订。在协议履行过程中，双方应严格按照协议约定履行各自的义务。如果发生纠纷，应及时咨询专业律师并寻求法律帮助。您有任何具体的法律问题，都可以直接向我咨询。