宅基地纠纷中，有双方签字且村委会盖章的协议，在符合法定条件时是有效的。以下是对此问题的详细分析：
协议有效的条件
行为人具有相应的民事行为能力：
- 签订协议的双方当事人必须是具备完全民事行为能力的成年人，能够独立进行民事活动并承担民事责任。如果一方或双方为无民事行为能力人或限制民事行为能力人，则协议可能无效。
意思表示真实：
- 协议的内容必须是双方当事人的真实意愿，不存在欺诈、胁迫等情形。如果协议是在一方被欺诈、胁迫的情况下签订的，那么该协议可能被撤销。例如，若一方以虚假信息诱导另一方签订协议，或威胁另一方如果不签订协议就会采取不利行动，这样的协议是无效的。
不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：
- 协议的内容必须合法合规，不得违反国家法律法规的强制性规定，也不得违背社会公德和公共秩序。例如，协议中不得包含非法转让宅基地使用权、侵犯他人合法权益等内容。宅基地属于农民集体所有，其转让需遵循特定规定，如不得向本集体经济组织成员以外的人转让。
满足法定形式要求：
- 虽然宅基地纠纷协议书不一定需要采用特定的书面形式，但为了避免后续产生争议，建议双方尽量采用书面形式签订协议，并明确约定协议的各项条款。同时，如果协议涉及宅基地使用权的变更或转让，可能需要按照相关规定办理相关手续，如经过本集体经济组织的同意（村委会盖章可视为一种认可）并办理变更登记手续。
协议有效的特殊情况
- 无权处分与善意取得：
- 如果一方在签订协议时对宅基地没有处分权，但相对方有理由相信其有处分权且支付了合理对价，并已经办理了相关登记手续，那么根据善意取得制度，该协议仍然可能有效。然而，这种情况在实践中较为少见，且需要满足严格的构成要件。
协议无效的常见情形
恶意串通损害他人权益：
- 如果双方恶意串通签订协议以损害国家、集体或第三人的利益，那么该协议无效。例如，双方为了规避税收或逃避债务而签订虚假协议。
违反法律禁止性规定：
- 如果协议内容违反了法律的禁止性规定（如非法买卖宅基地），那么该协议无效。宅基地的转让需遵循特定法律规定，不得随意进行。
村委会盖章的作用
村委会作为宅基地的管理机构，其盖章在协议中起到了一定的证明作用，表明该协议经过了村集体的某种程度的认可。然而，村委会的盖章并非决定协议效力的唯一因素，协议的效力还需根据上述法定条件进行综合判断。
实际操作建议
- 谨慎审查协议内容：在签订宅基地纠纷协议前，双方应仔细审查协议内容，确保协议符合法定条件且双方意思表示真实。
- 咨询专业人士：如有不确定之处或涉及复杂法律问题，建议咨询专业律师或相关部门以获取准确指导。
- 办理相关手续：如果协议涉及宅基地使用权的变更或转让，应按照相关规定办理相关手续以确保交易的合法性和有效性。
综上所述，宅基地纠纷中有双方签字且村委会盖章的协议在符合法定条件时是有效的。但为了确保协议的合法性和有效性，双方应谨慎审查协议内容并咨询专业人士的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。