两兄弟签名确认的宅基地协议书，在符合法定条件时具有法律效力。具体分析如下：

1. 协议主体适格性
   根据《民法典》第143条，民事法律行为有效需满足：

   • 行为人具有相应民事行为能力（两兄弟需为完全民事行为能力人）；
     
   • 意思表示真实（非受胁迫、欺诈等情形）；
     
   • 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
     若两兄弟均具备完全民事行为能力，且协议内容为其真实意思表示，则主体要件成立。

2. 宅基地使用权流转的合法性
   宅基地属于农村集体所有，其使用权流转需符合《土地管理法》第62条及《民法典》第363条：

   • 流转范围限制：宅基地使用权不得单独转让，但随房屋一并转让的除外；且受让人需为本集体经济组织成员（部分地区试点允许跨集体流转，需以当地政策为准）。
     
   • 审批程序：协议需经村集体经济组织或村民委员会书面同意，并报乡（镇）人民政府批准。
     若协议未履行审批程序，或受让人非本集体成员（无试点政策支持），则协议可能因违反强制性规定而无效。

3. 协议内容合法性

   • 用途限制：宅基地仅可用于建造住宅及其附属设施，协议中若约定改变用途（如用于商业开发），则无效。
     
   • 权利义务对等性：协议需明确双方权利义务（如转让价格、支付方式、宅基地交付时间等），避免显失公平。
     若协议内容违反上述规定，可能被认定为部分或全部无效。

4. 形式要件
   根据《民法典》第469条，宅基地协议建议采用书面形式，并由双方签字或盖章。两兄弟签名确认的书面协议，形式要件已满足。

实务建议：

1. 签订协议前，确认双方是否为本集体经济组织成员，并核实宅基地使用权证信息；
   
2. 协议中明确约定审批义务（如由哪方负责办理审批手续）及违约责任；
   
3. 协议签订后，及时办理宅基地使用权变更登记（若当地允许）。
   

若协议存在效力瑕疵，可通过补充审批、协商修改或诉讼确认效力等方式补救。如有具体条款或背景需进一步分析，可直接向我咨询。