兄弟建房协议书在符合一定条件下是有效的。以下是从不同角度对兄弟建房协议书有效性的详细分析：
一、协议有效的基本条件
主体适格：
- 协议双方（即兄长和弟弟）必须具有完全民事行为能力，能够理解和承担协议中的权利和义务。
- 如果涉及土地使用权，建房户应具备宅基地使用资格，通常是本集体经济组织成员或经合法程序获得宅基地使用权。
意思表示真实：
- 协议的签订必须基于双方平等、自愿的基础上，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。
- 双方应对房屋的设计、施工期限、价款、产权归属等重要内容进行充分协商，并达成一致意见。
内容合法合规：
- 协议内容不得违反国家法律、行政法规的强制性规定，如土地管理法规、建设规划法规等。
- 建房的位置、面积、层数等应符合当地农村宅基地管理和规划建设的相关规定。
- 协议不能违背社会公共秩序和善良风俗。
形式符合要求：
- 虽然法律未强制要求兄弟建房协议必须采用书面形式，但为明确双方权利义务，减少纠纷，建议签订书面协议。
- 协议应有明确的条款约定，并经双方签字或盖章确认，最好一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。
二、协议可能无效的情形
主体不适格：
- 如建房户不具有宅基地使用资格，或协议一方不具备相应的民事行为能力，则协议可能无效。
意思表示不真实：
- 若一方以欺诈、胁迫的手段订立协议，或存在重大误解、显失公平等情形，受损害方有权请求变更或撤销该协议。
内容违法：
- 违反土地管理法规，如在农用地上未经合法审批擅自建房并签订建房协议，该协议无效。
- 违反建设规划法规，如未取得乡村建设规划许可证等相关证件就开始建房，所签订的建房协议也可能被认定无效。
恶意串通：
- 如双方恶意串通，损害国家、集体或第三人利益，则建房协议无效。例如，双方为了逃避税费而故意压低协议中的建房价款，并签订虚假合同。
三、确保协议有效的建议
咨询专业律师：
- 在签订协议前，建议咨询专业律师，对协议内容进行审核，确保协议的合法性和有效性。虽然此处我作为孙影福律师已经给出了一些建议，但具体协议内容仍需根据实际情况进行定制。
明确协议条款：
- 协议应明确约定双方的权利和义务，包括出资比例、方式、时间，房屋的建设、管理、使用，费用的分担，收益的分配，以及违约责任和争议解决方式等。
办理相关手续：
- 根据当地规定，办理建设工程规划许可证、建设用地规划许可证等必要证件，确保建房活动的合法性。
保留证据材料：
- 双方应保留好相关证据材料，如协议文本、沟通记录、支付凭证等，以便在必要时维护自己的合法权益。
举例说明：假设兄长和弟弟共同出资在农村宅基地上建房，他们签订了一份详细的建房协议书，明确了双方的权利和义务，包括出资比例、房屋的建设和管理、产权归属等。同时，他们也办理了相关的建设工程规划许可证和建设用地规划许可证。在这种情况下，该建房协议书是有效的。
总结与建议：兄弟建房协议书的有效性取决于双方主体是否适格、意思表示是否真实、内容是否合法合规以及形式是否符合要求。为确保协议的合法性和有效性，建议在签订协议前咨询专业律师，并明确协议条款、办理相关手续、保留证据材料。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。