关于您提出的“购买的宅基地只有协议是否有效”的问题，这确实是一个涉及法律效力和具体操作细节的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、宅基地买卖协议的法律效力概述
宅基地买卖协议的法律效力并非绝对，而是取决于多种因素，包括买卖双方的身份、协议内容的合法性、是否经过集体组织批准以及交易的具体内容等。因此，不能简单地说“只有协议就有效”或“协议一定无效”。
二、有效情形分析
同一集体经济组织成员之间的买卖：
- 在同一集体经济组织内部，成员之间买卖宅基地及地上房屋通常被认定为有效。这是因为此类交易并未改变集体土地所有权的归属，也未损害本集体的公共利益。但前提是，受让方需具备本集体组织成员身份，且转让需经过本集体经济组织的同意和相关政府部门审批。
协议内容合法且明确：
- 买卖协议必须明确宅基地的具体情况（如位置、面积）、价格、付款方式、交付时间等关键条款，并约定违约责任。只有内容合法、明确且双方真实意思表示的协议，才能受到法律保护。
三、无效情形分析
向本集体经济组织以外的人出售：
- 宅基地使用权是农村集体经济组织成员享有的特定权利，不允许转让给本集体经济组织以外的人，特别是城镇居民。此类交易因违反法律强制性规定而无效，会导致农村集体土地流失，破坏管理秩序。
未经集体组织批准：
- 宅基地的转让需经本集体经济组织同意。未经批准的转让可能损害集体组织的权益和规划安排，因此买卖协议可能被认定无效。
协议内容违法或存在瑕疵：
- 如果买卖宅基地的目的是用于建设不符合土地利用规划的建筑或进行非法活动，或者协议中存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形，该买卖协议同样无效。
四、特殊情况下的处理
- 如果宅基地买卖协议签订后，买方已对房屋进行翻建、扩建等重大投入，并实际履行协议多年，法院在处理纠纷时可能会综合考虑各种因素，在认定协议无效的基础上，根据公平原则对买方的投入及相关损失进行合理补偿。但这并不改变协议本身的无效性质。
五、建议与注意事项
确认双方身份：
- 在签订宅基地买卖协议前，务必确认买卖双方的身份是否符合法律规定，确保买方为同一集体经济组织成员。
完善协议内容：
- 协议内容应详细、明确，包括宅基地的具体信息、价格、付款及交付方式等，并约定清晰的违约责任。
获得集体组织批准：
- 交易前应咨询当地集体经济组织或相关部门，确保转让行为得到批准，符合土地利用规划和法律法规要求。
咨询专业人士：
- 由于宅基地买卖涉及复杂的法律问题，建议咨询专业律师或相关机构，以确保协议的合法性和有效性，避免未来可能产生的法律纠纷。
综上所述，购买的宅基地只有协议是否有效，取决于多种因素。在签订此类协议时，请务必谨慎对待，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询专业人士。