结论：当劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍时，其经济补偿金的计算将受到特殊规定限制，即按照当地上年度职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。这一规定旨在平衡用人单位与劳动者之间的利益关系，确保经济补偿金的合理性和公平性。
一、法律依据与适用范围
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，对于工资高于社平工资三倍的劳动者，其经济补偿金的计算有明确的特殊规定。这一规定适用于所有符合上述条件的劳动者，无论其工作性质或行业类型。具体来说，当劳动者的月工资超过当地社平工资的三倍时，其经济补偿金的计算将不再按照其实际月工资来计算，而是按照当地社平工资的三倍来计算，并且支付年限也受到限制，最高不超过十二年。
二、经济补偿金的计算基数与支付年限
计算基数：这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。如果劳动者的月工资高于用人单位所在地区上年度职工月平均工资的三倍，那么向其支付经济补偿的标准将按照职工月平均工资三倍的数额来支付。例如，若某地区上年度职工月平均工资为5000元，则三倍为15000元，作为计算经济补偿的月工资上限。
支付年限：对于工资高于社平工资三倍的劳动者，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这意味着，即使劳动者在用人单位工作了超过十二年，其经济补偿金的支付年限也只能按照十二年来计算。每满一年支付一个月工资的经济补偿；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。但总年限不得超过十二年。
三、具体计算公式与示例
经济补偿金的具体计算方式为：\(经济补偿金 = 当地上年度职工月平均工资\\times3\\times补偿年限（不超过12年）\)。
示例：若某地区上年度职工月平均工资的三倍为15000元，劳动者在用人单位工作了15年，那么其应得的经济补偿金为\(15000元\\times12年 = 180000元\)，而不是按照其实际月工资和工作年限来计算得出的更高数额。
四、注意事项
不影响其他权益：这一规定仅适用于经济补偿金的计算，不影响劳动者其他合法权益的享有。例如，劳动者仍然有权要求用人单位支付其应得的工资、奖金、津贴等劳动报酬，以及享受社会保险、福利待遇等。
准确确定数据：在实际计算过程中，劳动者和用人单位需要准确确定当地上年度职工月平均工资，并据此计算经济补偿金。如果双方对数据有争议，可以通过查询当地统计部门公布的数据或咨询相关部门来解决。
争议解决途径：如果劳动者对经济补偿金的计算有异议，可以通过协商、仲裁或诉讼等合法途径解决争议。在争议解决过程中，劳动者需要提供相关的证据材料，如工资流水、劳动合同等，以证明自己的主张。
综上所述，对于工资高于社平工资三倍的劳动者，其经济补偿金的计算受到严格的法律规定限制，包括计算基数和支付年限的双重限制。这是为了保障劳动者的合法权益，同时避免用人单位承担过重的经济负担。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。