结论：公司因员工不使用公司手机而进行扣款的行为，是否违法需分情况讨论，不能一概而论。
分析：
若公司有明确规定且规定合法：
- 如果公司在规章制度中明确规定了员工必须使用公司手机，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，同时公司已经通过合法程序（如民主程序制定、公示等）将该规定告知员工，那么员工不遵守这一规定，公司依据规章制度进行扣款，可能是合法的。但即便如此，扣款金额也应当合理，不能超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
若公司无明确规定或规定违法：
- 如果公司没有明确的规章制度规定员工必须使用公司手机，或者该规定本身违反了法律法规的强制性规定（如侵犯员工隐私权、不合理限制员工自由等），那么公司因员工不使用公司手机而进行扣款的行为就是违法的。员工有权拒绝这种不合理的扣款，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
特殊情况考虑：
- 还需要考虑的是，如果公司手机的使用与员工的工作职责紧密相关，且公司已经为员工提供了必要的手机使用条件（如承担通讯费用等），而员工无正当理由拒绝使用，那么公司可能会根据具体情况采取一定的管理措施。但即便如此，扣款仍然需要遵循上述的合法性和合理性原则。
建议：
对于员工：如果公司因你不使用公司手机而进行扣款，你首先应当查看公司的规章制度，了解是否有相关规定以及该规定是否合法。如果认为公司的扣款行为违法或不合理，你可以与公司进行沟通协商，要求公司停止扣款并补发被扣的工资。如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
对于公司：公司在制定规章制度时，应当确保规定的合法性和合理性，并遵循民主程序制定和公示。在要求员工使用公司手机时，应当为员工提供必要的条件和支持，并明确告知员工不使用的后果。同时，公司在采取扣款等管理措施时，也应当确保扣款的合法性和合理性，避免侵犯员工的合法权益。
后续行动依据：
- 你可以根据公司的规章制度、相关法律法规以及实际情况来判断公司的扣款行为是否合法。
- 如果需要进一步的法律帮助或咨询，你可以直接向我提问，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。