结论：公司印章被小股东控制时，法人（法定代表人）在符合一定条件下可以挂失并重新刻制新章，但需遵循严格的法律程序和公司章程规定。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律程序角度
挂失与公告：
- 挂失：法定代表人作为公司的代表，有权在印章遗失或被盗用的情况下，向公安机关报案并办理挂失手续。在此情况下，即使印章实际被小股东控制，法定代表人仍可基于其法定身份进行挂失。
- 公告：挂失后，法定代表人应在公司登记机关指定的报刊上刊登印章遗失声明，以公告形式告知社会公众该印章已作废，避免被不法分子利用。
重新刻制：
- 审批：重新刻制公司印章需经过公司内部审批程序，通常包括董事会或股东会的决议。若公司章程或内部管理制度对印章刻制有特别规定，应遵循这些规定。
- 备案：新印章刻制完成后，需向公安机关备案，并更新公司登记信息中的印章信息。
二、公司章程与内部管理角度
公司章程规定：
- 公司章程是公司的“宪法”，对印章的管理和使用应有明确规定。若公司章程中规定了印章挂失和重新刻制的具体程序，法定代表人应遵循这些规定行事。
内部管理机制：
- 公司应建立完善的内部管理机制，包括印章的保管、使用、挂失和重新刻制等流程。若小股东控制印章的行为违反了公司内部管理规定，法定代表人有权依据规定采取措施，包括挂失和重新刻制新章。
三、法律风险与防范
法律风险：
- 若法定代表人未经合法程序擅自挂失并重新刻制印章，可能构成滥用职权或侵犯公司财产权等违法行为，需承担相应的法律责任。
- 小股东若认为法定代表人的行为损害了其合法权益，可能通过法律途径追究法定代表人的责任，包括提起诉讼或申请仲裁等。
风险防范：
- 法定代表人在采取挂失和重新刻制印章的措施前，应确保已履行了公司内部审批程序，并保留了相关证据。
- 法定代表人可咨询专业律师，了解具体法律程序和风险防范措施，以确保自身行为的合法性和有效性。
四、实际操作建议
沟通协商：
- 在采取法律措施前，法定代表人可尝试与小股东进行沟通协商，寻求和平解决印章控制问题的途径。
法律途径：
- 若沟通协商无果，法定代表人可依据公司章程和内部管理规定，通过法律途径解决印章控制问题，包括提起诉讼或申请仲裁等。
及时报案：
- 若发现印章被非法使用或存在被盗用的风险，法定代表人应立即向公安机关报案，并配合公安机关的调查工作。
总结与建议：公司印章被小股东控制时，法定代表人应首先遵循公司章程和内部管理规定，通过合法程序进行挂失和重新刻制印章。在此过程中，法定代表人应确保自身行为的合法性和有效性，并咨询专业律师以获取法律支持和风险防范建议。若遇到复杂情况或法律纠纷，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律分析和解决方案。