针对公司被罚款5000元的处理方式，需结合罚款主体、罚款依据及公司实际情况综合判断，具体处理建议如下：

1. 确认罚款主体及合法性

   • 若罚款由行政机关（如市场监管局、税务局等）作出，需首先核实该机关是否具有法定处罚权限，以及处罚程序是否合法（如是否出具书面处罚决定书、是否告知救济途径等）。
     
   • 若罚款由公司内部（如规章制度）作出，需检查该制度是否经民主程序制定、是否公示或告知员工，以及罚款是否符合《劳动合同法》等法律对“克扣工资”的限制（如罚款金额不得超过月工资的20%）。
     

2. 分析罚款依据及合理性

   • 行政处罚：需核对处罚依据的法律条文（如《行政处罚法》《公司法》等），确认公司是否存在违法行为（如未按时年报、偷税漏税等），以及罚款金额是否在法定幅度内（如《公司登记管理条例》对逾期年报的罚款上限为3万元）。
     
   • 内部罚款：需评估罚款事由是否与员工职责直接相关（如因个人过失导致公司损失），以及罚款是否以“补偿损失”为目的（若以惩罚为目的，可能被认定为违法）。
     

3. 处理方式建议

   • 若认可罚款合法性：
     
     • 行政处罚：按处罚决定书要求缴纳罚款，避免逾期产生滞纳金或被强制执行；同时整改违法行为，避免重复处罚。
       
     • 内部罚款：从员工工资中扣除时，需确保扣除后工资不低于当地最低工资标准，并保留书面扣款协议或制度依据。
       
   • 若认为罚款不合法或不合理：
     
     • 行政处罚：可在收到处罚决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼，主张撤销或变更处罚。
       
     • 内部罚款：可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，要求返还违法扣除的款项并赔偿损失。
       

提示：罚款处理需兼顾法律风险与实际影响，建议根据具体情况选择最优方案。若有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。