当员工给公司造成5000万元这样巨额的损失时，处理方式需要更为谨慎和全面，以下是一些详细的建议：
一、明确赔偿责任的前提
主观过错判断：
- 首先，要明确员工是否因故意或重大过失给公司造成了经济损失。如果是一般的工作失误，且未达到重大过失的程度，那么要求员工全额赔偿可能缺乏合理依据。
法律依据与合同条款：
- 根据《工资支付暂行规定》及相关劳动法律法规，用人单位可以按劳动合同约定要求因劳动者本人原因造成经济损失的员工赔偿。因此，需仔细审查劳动合同中是否有关于经济损失赔偿的明确条款。
二、赔偿方式的确定与协商
劳动合同有明确约定：
- 如果劳动合同中明确规定了员工因故意或重大过失造成巨额损失时的赔偿条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么应按照合同约定执行。但考虑到损失金额巨大，可能需要与员工进行进一步的协商，以确定一个既合理又可行的赔偿方案。
劳动合同无约定或约定不明：
- 在没有明确合同条款的情况下，公司应与员工进行深入的协商。协商过程中，应充分考虑员工的过错程度、损失的形成原因、员工的经济承受能力以及公司的实际损失情况等因素，以确定一个合理的赔偿金额和方式。
- 鉴于损失金额巨大，可能无法一次性全额赔偿，因此可以考虑分期赔偿、部分赔偿或通过其他方式（如提供劳务、转让资产等）进行补偿。
三、赔偿金额的限制与计算
赔偿金额限制：
- 即使员工需要赔偿，其赔偿金额也应受到一定限制。根据相关法律法规，赔偿金额可以从员工工资中扣除，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 对于巨额损失，这一限制可能显得不够充分。因此，除了工资扣除外，还可以考虑其他赔偿方式，如员工提供个人资产作为担保、签订赔偿协议并分期履行等。
赔偿金额计算：
- 在确定赔偿金额时，应基于实际损失情况进行计算。这包括直接经济损失（如财产损失、业务中断损失等）和间接经济损失（如声誉损失、客户流失等）。然而，间接经济损失往往难以准确量化，因此需要双方进行协商确定。
四、赔偿程序与内部处理
内部调查与报告：
- 公司应立即启动内部调查程序，查明损失的原因、责任人和损失金额等关键信息。同时，应向上级领导或董事会报告损失情况，以便及时采取应对措施。
与员工沟通与协商：
- 在查明事实后，公司应与员工进行坦诚的沟通，说明损失情况、责任认定和赔偿要求等。双方应就赔偿金额、支付方式等进行友好协商，争取达成一致的解决方案。
履行赔偿义务与监督：
- 一旦达成赔偿协议，员工应按照约定的方式和时间履行赔偿义务。公司应建立监督机制，确保赔偿协议的得到有效执行。
五、法律救济途径与风险防控
法律救济途径：
- 如果员工拒绝赔偿或双方无法达成一致解决方案，公司可以考虑通过法律途径解决争议。这包括向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼等。
风险防控与制度完善：
- 此次事件应作为公司风险防控和制度完善的重要契机。公司应审查并完善相关规章制度和劳动合同条款，明确员工在造成经济损失时的赔偿责任和赔偿方式等。同时，应加强员工培训和风险意识教育，提高员工对工作责任和风险的认识和重视程度。
综上所述，当员工给公司造成5000万元巨额损失时，公司应综合考虑多方面因素来确定赔偿责任和赔偿方式。通过友好协商、法律途径和制度完善等措施来维护公司的合法权益并降低未来风险。