您好，关于您提出的“员工手册签字了但内容不合理是否生效”的问题，这是一个涉及劳动法和企业规章制度合法性的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，员工手册的生效并不仅仅取决于员工是否签字。虽然签字是员工确认收到并了解手册内容的一种方式，但手册本身的合法性、制定程序的合规性以及内容的合理性才是决定其是否具有法律效力的关键因素。
一、员工手册的制定程序
根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。这一程序被称为“民主程序”，是确保员工手册合法性的重要环节。
二、员工手册的内容合理性
员工手册的内容必须合理，不能违反法律法规的强制性规定，也不能侵犯劳动者的合法权益。例如，如果手册中规定了不合理的加班制度、不公平的奖惩措施或者侵犯员工隐私的条款，那么这些条款很可能会被认定为无效。
三、签字与生效的关系
签字的意义：员工签字通常表示员工已经收到并了解了员工手册的内容。然而，签字并不等同于员工对手册中所有条款的完全同意或认可。
生效的条件：员工手册的生效需要满足多个条件，包括制定程序的合规性、内容的合理性以及向员工的公示等。仅仅因为员工签字了，并不能直接推断出手册的所有内容都合法有效。
四、不合理内容的处理
如果您认为员工手册中的某些内容不合理或违法，您可以采取以下措施：
与用人单位沟通：首先，您可以尝试与用人单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，表达您的疑虑和意见，看是否能够达成共识并修改不合理的内容。
寻求法律援助：如果沟通无果，您可以咨询专业的劳动法律师或相关机构，了解您的权益和可能的法律途径。
申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护您的合法权益。
五、案例参考
以您提供的案例为例，物流公司未经工会及职工代表大会讨论便下发了修改后的《员工手册》，并试图以此为依据开除员工。然而，劳动争议仲裁委员会最终支持了员工的仲裁请求，确认公司解除劳动合同违法。这充分说明了员工手册的制定程序和内容合理性对于其法律效力的重要性。
综上所述，员工手册的生效并不仅仅取决于员工是否签字，还需要满足制定程序的合规性、内容的合理性以及向员工的公示等多个条件。如果您认为手册中的某些内容不合理或违法，建议您及时与用人单位沟通并寻求法律援助。