关于员工手册有空白格但已经签字是否能生效的问题，这确实是一个需要细致分析的法律场景。首先，我们要明确的是，签名在法律上代表着对文件内容的认可和担责，这是基于《中华人民共和国民法典》的相关规定。
签名的一般法律效力
在正常情况下，一旦你在文件上签字，就意味着你已知晓并同意文件的全部内容，愿意承担相应的权利与义务。司法实践中也遵循签名推定原则，即如果没有相反的证据，签字通常直接被认定为有效。
空白格签字的特殊情况
然而，当涉及到在空白格上签字时，情况就变得复杂了。空白格意味着文件的关键内容尚未确定，签字后这些空白处有可能被事后添加不利内容。这种情况下，不能简单地以“签字时内容是空白的”为由否认文件的效力，因为作为完全民事行为能力人，签字通常被视为对合同内容的概括性授权，意味着你愿意接受合同最终形成的内容约束。
可能的例外情况
但这一规则并非绝对。如果存在以下情况，签字盖章方可以向法院请求撤销或确认文件无效：
欺诈、胁迫或重大误解：如果你能证明在签字时受到了欺诈、胁迫，或者对文件内容存在重大误解，那么文件可能被视为无效。
有证据证明双方对文件内容有其他特别约定：如果你能提供证据证明双方在签字前对文件内容有其他特别约定，且这一约定足以推翻概括性授权的推定，那么文件也可能被视为无效。
实际案例分析
以你提供的参考信息中的案例为例，李某在空白协议上签字，但后来发现协议中的关键数字位置被公司单方手写填上了数字。李某通过保留微信聊天对话截图等证据，证明了签字时核心金额条款均为空白，且手写内容系公司事后单方面添加。最终，法院认定前三份协议不具有法律效力，因为李某的真实意思并非解除合作、承担债务。
建议
谨慎签字：在签署任何文件前，务必仔细阅读全部内容，确保理解并同意所有条款。
避免空白格签字：尽量避免在空白格或空白合同上签字，以防止事后被添加不利内容。
留存证据：如果确实需要在空白格上签字，建议拍照或录像留存签署时的原始状态，并妥善保存相关沟通凭证。
咨询法律专业人士：如果对文件内容或签字后果存在疑虑，建议咨询法律专业人士的意见。
综上所述，员工手册有空白格但已经签字是否能生效，取决于多种因素。在一般情况下，签字可能被视为有效，但如果存在欺诈、胁迫、重大误解或特别约定等例外情况，签字可能被视为无效。因此，在签署任何文件时，务必谨慎行事，确保自己的权益得到保护。