结论：关于农村建房超过15年且工人声称还有3000元未支付的情况，工人仍然有可能起诉，但能否胜诉取决于多个因素，包括诉讼时效、证据情况等。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼时效问题
一般诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，如果工人在知道或应当知道其权利受到侵害之日起三年内未提起诉讼，那么其权利可能不再受法律保护。
特殊诉讼时效：
- 在某些特殊情况下，诉讼时效期间可能有所不同。但就农村建房欠款纠纷而言，通常不涉及特殊诉讼时效的规定。
诉讼时效的中断与中止：
- 如果工人在诉讼时效期间内曾向您主张过权利（如通过电话、短信、书面通知等方式），或者存在其他导致诉讼时效中断或中止的情形（如不可抗力、双方协商等），那么诉讼时效可能会重新计算或暂停计算。
超过诉讼时效的后果：
- 如果工人确实超过了诉讼时效期间提起诉讼，且没有诉讼时效中断或中止的情形，那么您可以在诉讼中提出诉讼时效抗辩，法院可能会驳回工人的诉讼请求。但需要注意的是，即使超过诉讼时效，工人仍然有权起诉，只是可能面临败诉的风险。
二、证据问题
工人需提供证据：
- 工人需要提供充分的证据来证明您确实欠其3000元款项。这可能包括书面合同、欠条、收据、证人证言等。
您需提供反驳证据：
- 如果您认为工人主张的款项不属实或已经支付，您也需要提供相应的证据来支持您的主张。这可能包括付款记录、收据、银行转账凭证等。
三、法律建议
积极应对诉讼：
- 如果工人确实提起了诉讼，您应积极应对，及时委托律师准备答辩材料，并在法庭上提出您的抗辩理由和证据。
尝试协商解决：
- 在诉讼之前或诉讼过程中，您可以尝试与工人进行协商，看是否能够达成和解协议，以避免不必要的法律纠纷和诉讼成本。
保留相关证据：
- 无论最终是否提起诉讼或达成和解，您都应保留好与建房相关的所有证据和文件，以备不时之需。
进一步思考：在处理此类纠纷时，除了考虑法律因素外，还应考虑人情世故和道德因素。如果工人确实为您提供了劳务服务且您确实存在未支付的款项，那么从道德和人情的角度出发，您也应考虑支付该款项以维护良好的人际关系和社会信誉。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。