事业单位的奖金发放是否违反规定，需结合具体情况判断，但总体来说，只要符合相关法律法规和政策要求，以及单位内部的规章制度，就是合法的。以下从多个角度为您详细分析：
一、奖金发放的基本原则与合法性
按劳分配与绩效挂钩：事业单位奖金发放应遵循按劳分配原则，与工作人员的工作表现和贡献大小挂钩，同时与绩效考核结果相结合。这种分配方式有助于激励员工积极工作，提高工作效率和质量，是合法且合理的。
公平公正原则：在奖金分配过程中，事业单位应坚持公平、公正的原则，避免主观偏见和不公平现象的发生。这要求单位在制定奖金发放方案时，要充分考虑各种因素，确保方案的合理性和公正性。
二、奖金的种类与来源合法性
种类合法：事业单位的奖金种类多样，包括绩效工资、年终一次性奖金、其他专项奖金等。这些奖金的发放通常与单位的特定工作或项目相关，且符合国家法律法规和政策要求。
来源合法：事业单位奖金的来源主要包括财政核拨经费、经批准的非税收入以及上级主管部门或同级财政部门批准的其他资金。这些资金来源合法，为奖金的发放提供了有力保障。
三、奖金发放的具体规定与合法性
发放条件合法：事业单位奖金的发放通常要求年度考核必须为合格及以上等次，且符合规定的发放范围和标准。这些条件确保了奖金发放的针对性和合理性。
发放标准合法：绩效工资的发放标准通常由单位根据实际情况制定，并报上级主管部门备案；年终一次性奖金的发放标准则可能因地区和政策调整而有所不同，但一般与员工的职务级别、工作年限等因素相关。这些标准既体现了单位的自主性，又符合国家法律法规和政策要求。
发放程序合法：事业单位在发放奖金时，应制定详细的奖金发放方案，明确发放对象、标准、时间等，并进行公示，接受员工监督。这确保了奖金发放过程的透明度和公正性，避免了违规操作的可能性。
四、禁止性规定与合法性
事业单位在发放奖金时，必须严格遵守国家法律法规和政策要求，不得以任何名义突击花钱和滥发津贴、补贴、奖金及实物；不得违反规定自行新设项目或者继续发放已经明令取消的津贴补贴；不得超标准、超范围发放津贴补贴。这些禁止性规定确保了奖金发放的合法性和合规性。
五、特殊情况下的奖金处理合法性
受处分人员：受党纪处分的党员和受政务处分的事业单位工作人员，在处分影响期内或处分期间不得享受相应的奖金待遇。这体现了对违规行为的惩戒和约束。
借调人员：借调到外单位工作的人员，原则上回原单位参加年度考核并发放奖金。如确实需在借调单位参加考核的，需经借调单位主管部门同意后，由原单位委托借调单位进行考核并确定等次。这确保了借调人员奖金发放的合理性和公正性。
总结与建议：
事业单位的奖金发放只要符合相关法律法规和政策要求，以及单位内部的规章制度，就是合法的。为了确保奖金发放的合法性和合规性，我建议您：
了解单位规章制度：详细了解单位关于奖金发放的规章制度，确保自己的权益得到保障。
关注政策动态：及时关注国家关于事业单位奖金发放的政策动态，了解最新要求。
咨询专业人士：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。