针对超市员工偷盗营业额并做假账的行为，可按照以下步骤处理，具体分为内部处理与法律追责两个层面：

一、内部处理措施

1. 立即调查取证

   • 超市应第一时间固定证据，包括但不限于：监控录像、收银系统数据、账目记录、员工操作记录等。
     
   • 若涉及多人合谋，需扩大调查范围，避免证据灭失或被篡改。
     
   • 注意：调查过程需合法合规，避免侵犯员工隐私权（如非法搜查、窃听等）。

2. 暂停涉事员工职务

   • 根据《劳动合同法》第三十九条，若员工行为构成“严重违反用人单位规章制度”或“被依法追究刑事责任”，超市可立即解除劳动合同且无需支付经济补偿。
     
   • 暂停职务期间，应按最低工资标准支付生活费（若未解除合同），或直接解除合同并停发工资。

3. 追回经济损失

   • 要求员工返还偷盗的营业额及因假账导致的直接损失（如税务罚款、审计费用等）。
     
   • 若员工拒绝返还，可通过民事诉讼主张“不当得利返还”或“侵权损害赔偿”。

4. 完善内部管理

   • 修订财务制度，明确收银、对账、审计流程，例如：
     
     • 实行双人核对营业款制度；
       
     • 定期轮岗收银员；
       
     • 引入第三方审计或使用防篡改财务软件。
       
   • 加强员工法律培训，明确偷盗及做假账的刑事责任风险。

二、法律追责路径

1. 刑事追责

   • 盗窃罪：若员工偷盗金额达到当地“数额较大”标准（通常为1000-3000元），构成《刑法》第二百六十四条规定的盗窃罪，可处三年以下有期徒刑、拘役或管制。
     
   • 职务侵占罪：若员工利用职务便利将超市财物非法占为己有，且金额达到“数额较大”（通常为6万元），构成《刑法》第二百七十一条规定的职务侵占罪，可处三年以下有期徒刑或拘役。
     
   • 伪造公司、企业账目罪：若员工通过伪造账目掩盖偷盗行为，可能同时触犯《刑法》第一百六十二条之一规定的“隐匿、故意销毁会计凭证、会计账簿、财务会计报告罪”，可处五年以下有期徒刑或拘役。
     
   • 操作建议：超市应向公安机关报案，并提供完整证据链，由公安机关立案侦查。

2. 行政处罚

   • 若偷盗金额较小未达刑事标准，公安机关可依据《治安管理处罚法》第四十九条，对员工处五日以上十日以下拘留，并处五百元以下罚款；情节较重的，处十日以上十五日以下拘留，并处一千元以下罚款。

3. 民事赔偿

   • 超市可单独提起民事诉讼，要求员工赔偿因偷盗及做假账导致的全部经济损失（包括直接损失与间接损失，如商誉损害等）。
     
   • 证据要求：需提供损失计算依据（如审计报告、税务处罚决定书等）。

三、特殊情形处理

1. 员工否认指控

   • 若员工否认偷盗或做假账，超市需承担举证责任，可通过申请司法鉴定（如账目笔迹鉴定、电子数据恢复）或证人证言（如其他员工目击）强化证据。

2. 管理层参与合谋

   • 若超市管理层与员工共同实施违法行为，可能构成共同犯罪，需一并追究刑事责任。此时，超市作为单位可向公安机关举报，并配合调查。

3. 员工已离职

   • 离职不影响刑事追责与民事赔偿主张，超市仍可向其户籍地或经常居住地法院起诉，或向公安机关报案。

总结：超市应优先通过内部调查固定证据，根据金额大小选择刑事报案或行政处罚，同时通过民事诉讼追偿损失。长期来看，需完善财务监管制度以防范风险。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。