核心结论：患甲癌（甲状腺癌）5年后单位如何赔付，需根据具体情况判断，主要涉及医疗期、劳动关系处理、工伤认定及赔偿、社会保险待遇等几个方面。以下分情况详细说明：

1. 医疗期及工资支付
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤停止工作治病休息时，用人单位不得解除劳动合同，且需支付病假工资。医疗期长度根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，一般为3-24个月。若甲癌治疗期在医疗期内，单位需按不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资。

2. 劳动关系处理

   • 医疗期满后仍不能工作：若医疗期满后，员工因甲癌无法从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作，单位可提前30日以书面形式通知员工或额外支付1个月工资后解除劳动合同，但需支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
     
   • 医疗期满后能继续工作：若员工恢复工作能力，单位应安排原岗位或适当岗位，不得因患病歧视或解除合同。

3. 工伤认定及赔偿（若符合工伤条件）
   若甲癌被认定为工伤（如因工作原因导致，需提供职业病诊断证明），则适用《工伤保险条例》：

   • 医疗费用：由工伤保险基金支付；
     
   • 停工留薪期工资：原工资福利待遇不变，由单位支付；
     
   • 伤残待遇：根据伤残等级（需劳动能力鉴定）支付一次性伤残补助金、伤残津贴等；
     
   • 若解除合同：单位需支付一次性工伤医疗补助金和伤残就业补助金（具体标准由地方政府规定）。
     注意：甲癌是否属于工伤需严格依据职业病诊断标准，实践中认定难度较大，需结合具体工作暴露史（如辐射暴露）等证据。

4. 社会保险待遇

   • 医疗保险：治疗甲癌的医疗费用可通过医保报销（需符合医保目录）；
     
   • 失业保险：若单位违法解除合同或合同到期不续签，员工可申领失业保险金；
     
   • 养老保险：医疗期内单位需继续缴纳养老保险，不影响未来养老金领取。

5. 特殊情形：单位未缴社保或违法解除

   • 若单位未依法缴纳社保，员工可要求单位补缴社保并赔偿因此导致的损失（如无法报销的医疗费）；
     
   • 若单位违法解除合同（如医疗期内无故辞退），员工可要求继续履行合同或支付赔偿金（经济补偿金的2倍）。

行动建议：

1. 收集证据：医疗记录、劳动合同、工资流水、社保缴纳记录等；
   
2. 确认是否属于工伤：向当地职业病诊断机构申请诊断；
   
3. 与单位协商赔偿方案，若协商不成可申请劳动仲裁；
   
4. 如有疑问或需进一步帮助，可直接向我咨询具体操作流程。