员工在职期间查出癌症，公司的赔偿问题确实需要根据具体情况来细致分析。以下是我为您整理的详细解答：
一、若癌症与工作无关
医疗期内的待遇：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因癌症需要停止工作进行医疗时，会依据其工作年限获得3个月到24个月的医疗期（对于特殊疾病如癌症，医疗期通常为24个月）。
- 在医疗期内，公司需要支付病假工资或疾病救济费，这个费用不得低于当地最低工资标准的80%。
- 同时，公司不得依据《劳动合同法》的相关规定，如第四十条、第四十一条，来解除与员工的劳动合同。
医疗期满后的处理：
- 如果员工在医疗期满后能够继续从事原工作或公司另行安排的工作，那么员工将继续在公司工作，并享受正常的工资待遇。
- 如果员工不能从事原工作，也不能从事公司另行安排的工作，公司可以提前30日以书面形式通知员工本人，或者额外支付1个月工资后，解除劳动合同，并支付相应的经济补偿金。经济补偿金的计算方式是根据员工在本单位的工作年限，每满1年支付1个月工资的标准；6个月以上不满1年的，按1年计算；不满6个月的，支付半个月工资的经济补偿。如果员工的月工资高于公司所在地区上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿金的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，但最高不超过十二年。
二、若癌症被认定为职业病
认定流程：
- 员工需要首先进行职业病诊断，可以向用人单位所在地、本人户籍所在地或经常居住地的职业病诊断机构提出申请。
- 诊断机构会出具职业病诊断证明书，这是后续赔偿的重要依据。
赔偿项目：
- 工伤保险待遇：如果公司依法为员工缴纳了工伤保险，员工可以享受医疗费用、康复费用、住院伙食补助费、交通食宿费、辅助器具费、停工留薪期工资等工伤保险待遇。在停工留薪期内，员工的原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。如果构成伤残，员工还可以享受一次性伤残补助金、伤残津贴等。如果员工因职业病死亡，其近亲属可以领取丧葬补助金、一次性工亡补助金和供养亲属抚恤金。
- 民事赔偿责任：如果公司存在过错导致员工患职业病，除了工伤保险待遇外，公司还需要承担医疗费、护理费、残疾赔偿金、死亡赔偿金等民事赔偿责任。
三、其他注意事项
- 公司在处理患癌症员工的问题时，必须严格遵循法律法规，确保员工的合法权益得到充分保障。
- 公司应该给予员工必要的关怀和支持，包括提供心理支持、协助申请相关救助等，以体现公司的人文关怀。
- 如果员工因癌症去世，且公司已经为其缴纳了养老保险，那么遗属可以领取丧葬补助金和抚恤金，这些费用由基本养老保险基金支付。如果公司未缴纳养老保险，则这些费用需要由公司自行承担。
综上所述，员工在职期间查出癌症是一个复杂且敏感的问题，公司需要根据具体情况依法承担赔偿责任，并确保员工的合法权益得到充分保障。希望这个解答能够帮助您更好地理解这个问题。