结论前置：在工程项目工程款纠纷中，限制项目经理人身自由的行为是违法犯罪的，具体可能涉及非法拘禁罪或其他相关罪名。

详细分析：

1. 非法拘禁罪的认定：

   • 根据我国《刑法》的相关规定，非法拘禁罪是指以拘押、禁闭或者其他强制方法，非法剥夺他人人身自由的行为。在工程项目工程款纠纷中，如果一方通过限制项目经理的人身自由来达到解决纠纷或迫使对方妥协的目的，这种行为显然符合非法拘禁罪的构成要件。
   • 非法拘禁罪的成立并不要求拘禁时间的长短，只要实施了非法剥夺他人人身自由的行为，就可能构成犯罪。当然，拘禁时间的长短、情节的严重程度等会影响量刑的轻重。

2. 其他相关罪名的可能性：

   • 除了非法拘禁罪外，如果限制人身自由的行为伴随着其他暴力行为，如殴打、侮辱等，那么还可能构成其他相关罪名，如故意伤害罪、侮辱罪等。这些罪名的成立将根据具体行为情节和造成的后果来判定。

3. 法律后果：

   • 一旦构成非法拘禁罪或其他相关罪名，行为人将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、管制等。同时，还可能承担民事赔偿责任，如赔偿被害人因拘禁而遭受的经济损失等。

4. 建议与提醒：

   • 在工程项目工程款纠纷中，双方应通过合法途径解决争议，如协商、调解、仲裁或诉讼等。限制他人人身自由不仅不能解决问题，反而会使自己陷入法律困境。
   • 如果遇到类似情况，项目经理应及时报警并寻求法律援助，以维护自己的合法权益。同时，建议企业在日常管理中加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识，避免类似事件的发生。

进一步思考：

• 在处理工程项目工程款纠纷时，双方应注重证据的收集和保存，以便在争议发生时能够提供有力的证据支持自己的主张。
• 如果纠纷涉及复杂的法律问题或金额较大，建议寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。