员工面对要求违章作业时，有权拒绝并采取合法措施保护自身权益，具体处理方式如下：
明确拒绝违章指令
根据《中华人民共和国安全生产法》第五十四条，从业人员有权拒绝违章指挥和强令冒险作业。员工应第一时间以书面或可追溯形式（如邮件、短信）向直接上级或安全管理部门明确表示拒绝，并说明拒绝理由（如指令违反操作规程、存在重大安全隐患等）。若口头拒绝，需保留现场录音或证人证言。
启动内部举报程序
若拒绝后仍被强迫作业，员工应立即向企业安全生产管理机构或工会举报。根据《安全生产法》第七十条，企业不得因员工举报而降低其工资、福利等待遇或解除劳动合同。举报时需提交违章指令的书面证据（如工作单、聊天记录）及安全隐患描述，要求企业限期整改并书面回复处理结果。
向监管部门投诉
若企业内部处理无果，员工可向当地应急管理部门（原安监局）或行业主管部门投诉。投诉需提供企业名称、违章事实、时间地点、证据材料（如照片、视频、检测报告）及企业未整改的证明。监管部门调查后，若确认违章属实，将对企业处以罚款、停产整顿等处罚，并责令纠正对员工的打击报复行为。
解除劳动合同并主张赔偿
若企业以拒绝违章作业为由辞退员工，属于违法解除劳动合同。员工可依据《劳动合同法》第四十八条，要求企业继续履行合同或支付赔偿金（按工作年限，每满一年支付两个月工资）。同时，若因违章作业导致人身伤害，员工可申请工伤认定并主张医疗费、伤残补助等赔偿。
刑事责任规避提示
若员工被迫违章作业导致重大事故（如死亡1人以上或重伤3人以上），企业直接负责的主管人员可能涉嫌《刑法》第一百三十四条的“重大责任事故罪”。员工若被迫参与，需证明自己曾明确拒绝并举报，否则可能被认定为共同犯罪。建议员工在拒绝时同步留存向监管部门投诉的记录，以证明主观无过错。
操作建议：员工可提前准备《安全生产权利告知书》（含法律条文摘要），在拒绝时向企业出示；日常工作中注意保存操作规程、培训记录等证据，以证明自身无过错。若遇威胁或报复，立即报警并申请劳动仲裁保护权益。