面对您提出的“开出去的发票对方进账过，对方不付款是否可以起诉”的问题，我可以明确地告诉您，您完全有权通过法律途径来维护自己的合法权益。以下是我为您详细梳理的解答和建议：
一、法律依据与起诉条件
合同违约责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，商业交易中，一旦您开具了发票并完成了合同义务（如提供了货物或服务），对方公司就有义务按照约定支付款项。若对方未支付，即构成违约，您有权要求其承担违约责任。
起诉条件：
- 您作为开票方，与案件有直接利害关系，具备起诉的资格。
- 起诉时，您需要明确被告（即对方公司），提出具体的诉讼请求（如要求支付款项及可能的违约金），并陈述事实和理由。
- 确保您的诉求属于法院受理范围，并选择有管辖权的法院进行起诉。
诉讼时效：
- 诉讼时效为三年，自您权利受到损害之日起算。因此，请务必在发票开出后的三年内提起诉讼，并保留好相关证据。
二、应对措施与操作步骤
协调解决：
- 首先，尝试与对方公司进行友好协商，通过电话、邮件或会面等方式催促其履行付款义务。您可以依据合同中的付款条款来加强催款力度。
发送催款函：
- 若协商无果，您可以向对方发送正式的催款函件。在函件中，请详细注明开票日期、发票号码、金额等信息，并要求对方在规定时间内支付款项。催款函可以通过邮寄、电子邮件等方式发送，并保存好发送记录作为证据。
准备证据，提起诉讼：
- 在协商和催款均无效的情况下，您需要准备充分的证据材料向法院提起诉讼。证据可以包括合同、发票、交易记录、交货凭证、服务确认单、沟通记录（如邮件、短信、微信聊天记录等）以及催款函及回复等。
- 选择管辖法院时，您可以根据《民事诉讼法》及相关司法解释的规定，选择被告住所地或合同履行地法院。若合同中有约定管辖法院，则按约定执行。
申请强制执行：
- 若您获得胜诉判决但对方仍不履行付款义务，您可以向法院申请强制执行，通过法律手段强制对方支付款项。
三、注意事项与风险防范
发票合规性：
- 请确保您所提供的发票符合《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，避免因发票不合规而影响诉讼结果。
风险防范：
- 为防范类似风险再次发生，建议您在未来的合同中明确约定付款时间、方式、违约责任等相关条款。特别是针对先开发票后付款的交易方式，应更加谨慎，并在合同中作出相应安排，如设置付款保证金、分期付款等条款。
综上所述，面对发票已开但对方公司未支付款项的情况，您应先尝试协调解决和发送催款函；若无效，则应及时准备证据并向法院提起诉讼以维护自己的合法权益。同时，也要注意确保发票的合规性和加强风险防范措施，以避免类似问题再次发生。希望这些建议能对您有所帮助。